RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	GNG3	P63215	75 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CFHR3	Q02985	330 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PNLIPRP3	Q17RR3	467 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CEACAM21	Q3KPI0	293 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IFI44L	Q53G44	452 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM209B	Q5JX69	171 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM27D1	Q5T7N8	215 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	LINC01590	Q5TEZ4	76 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	TEX38	Q6PEX7	206 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	DRAM1	Q8N682	238 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM86B1	Q8N7N1	296 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR56B4	Q8NH76	319 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF671	Q8TAW3	534 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	TRMT10A	Q8TBZ6	339 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	RNF133	Q8WVZ7	376 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	LEAP2	Q969E1	77 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SNX22	Q96L94	193 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NRIP2	Q9BQI9	281 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PARD6B	Q9BYG5	372 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PAPOLB	Q9NRJ5	636 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	MRPS18A	Q9NVS2	196 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CMTM6	Q9NX76	183 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	RASL12	Q9NYN1	266 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC22A13	Q9Y226	551 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM5	Q9Y2B1	443 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHDC2	Q9Y2U9	406 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ENPP4	Q9Y6X5	453 aa		4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	4.06	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A1W2PPI3	338 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A1W2PRQ8	180 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM183A	A6NL82	134 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	MARCH11	A6NNE9	402 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	LEUTX	A8MZ59	168 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PRR32	B1ATL7	298 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		I3L521	148 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PSMD9	O00233	223 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OVOL1	O14753	267 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NOS1AP	O75052	506 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SAP30	O75446	220 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SERPINA1	P01009	418 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IFNA14	P01570	189 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	RBP4	P02753	201 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	VIM	P08670	466 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SPI1	P17947	270 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CDK2	P24941	298 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	HSD11B1	P28845	292 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IFNA8	P32881	189 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR12	P47775	334 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	GSS	P48637	474 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	POU3F4	P49335	361 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	GRB2	P62993	217 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	EWSR1	Q01844	656 aa	Known RBP eCLIP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	BDH1	Q02338	343 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SF3A3	Q12874	501 aa	Known RBP eCLIP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IL18R1	Q13478	541 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR50	Q13585	617 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CYLC2	Q14093	348 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	DGCR6	Q14129	220 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CRMP1	Q14194	572 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	HES1	Q14469	280 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	RBM39	Q14498	530 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	HLA-DRB5	Q30154	266 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SMIM21	Q3B7S5	101 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	TEX30	Q5JUR7	227 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PLCXD3	Q63HM9	321 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	GDPD3	Q7L5L3	318 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	KRT74	Q7RTS7	529 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	TRPM8	Q7Z2W7	1104 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR8H2	Q8N162	312 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR2T12	Q8NG77	320 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR5A2	Q8NGI9	324 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CASTOR1	Q8WTX7	329 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	C4orf3	Q8WVX3	66 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ARPC1A	Q92747	370 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	C7orf34	Q96L11	122 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	C7orf26	Q96N11	449 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	HIST1H2AA	Q96QV6	131 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ARPC5L	Q9BPX5	153 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	NIPAL2	Q9H841	368 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	MTCH1	Q9NZJ7	389 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	UBE2J1	Q9Y385	318 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		U3KQV3	271 aa		4.05	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	IGKV1-27	A0A075B6S5	117 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A1W2PPE3	182 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	PQLC2L	A1A4F0	135 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF736	B4DX44	427 aa	Predicted RBP	4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511		J3QT63	122 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	CXCR6	O00574	342 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	MRAS	O14807	208 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SELENOF	O60613	162 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PTPN4-209	ENST00000469511	SCAF4	O95104	1147 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76

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