RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636351.1

CLN3-247, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,292 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-247ENST00000636351 GABRPO00591 440 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SIGLEC5O15389 551 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 TNFAIP8O95379 198 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 MAS1P04201 325 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ALDOBP05062 364 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ACAA1P09110 424 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CALCBP10092 127 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 IGFBP3P17936 291 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 GATA3P23771 443 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 GABRA5P31644 462 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZNF93P35789 620 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NPBWR2P48146 333 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZP1P60852 638 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 FAM27D1Q5T7N8 215 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CD276Q5ZPR3 534 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 BTNL3Q6UXE8 466 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZNF788Q6ZQV5 615 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 FAM58AQ8N1B3 248 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZSCAN4Q8NAM6 433 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SGMS2Q8NHU3 365 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SUCNR1Q9BXA5 334 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 MMP26Q9NRE1 261 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SLC25A10Q9UBX3 287 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 IGHV2-70DA0A0C4DH43 119 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 IGKV1-12A0A0C4DH73 117 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 PIN1P1O15428 100 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 IGKV1D-12P01611 117 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NDUFB7P17568 137 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 AMY2BP19961 511 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 PRDX2P32119 198 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 OR3A4PP47883 348 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NEDD8Q15843 81 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 DGUOKQ16854 277 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 HSD17B12Q53GQ0 312 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ATPAF1Q5TC12 328 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 UBE2UQ5VVX9 321 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SAXO1Q8IYX7 474 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 FGFRL1Q8N441 504 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 H1FXQ92522 213 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 S100A13Q99584 98 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NUDT16L1Q9BRJ7 211 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SLITRK2Q9H156 845 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 IL36RNQ9UBH0 155 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZNF222Q9UK12 451 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 POLR3KQ9Y2Y1 108 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 MGAM2Q2M2H8 2515 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 PPIAL4CA0A0B4J2A2 164 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 C22orf46C9J442 243 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 J3QLI3 93 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ENSAO43768 121 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 GPX5O75715 221 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 KDM4BO94953 1096 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 RSU1Q15404 277 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SSX1Q16384 188 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CRIP3Q6Q6R5 217 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 BTN2A1Q7KYR7 527 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 BPIFB2Q8N4F0 458 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CD177Q8N6Q3 437 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NKAIN3Q8N8D7 197 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ASCC1Q8N9N2 400 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZNRF1Q8ND25 227 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NANPQ8TBE9 248 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 RAB40AQ8WXH6 277 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 MRI1Q9BV20 369 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ESM1Q9NQ30 184 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 GLS2Q9UI32 602 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 GSTK1Q9Y2Q3 226 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CCRL2O00421 344 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 HAND1O96004 215 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 DUSP1P28562 367 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 PTGFRP43088 359 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 AWAT1Q58HT5 328 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 UNQ9370/PRO34162Q6UXP9 181 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZNF561Q8N587 486 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 PXT1Q8NFP0 134 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 OR10K1Q8NGX5 313 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 C22orf15Q8WYQ4 148 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SDSLQ96GA7 329 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 C7orf69Q9H7B7 122 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 VCX3AQ9NNX9 186 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 HMG20AQ9NP66 347 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 NDUFB11Q9NX14 153 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ING4Q9UNL4 249 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 INSIG2Q9Y5U4 225 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 A0A087WXM4 84 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 FCN3O75636 299 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SC5DO75845 299 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ARL6IP5O75915 188 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 CDRT1O95170 752 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ECDO95905 644 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SFTPBP07988 381 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 UCHL1P09936 223 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 FABP5Q01469 135 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 COL10A1Q03692 680 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 SPIN3Q5JUX0 258 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 ZDHHC22Q8N966 263 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 TSPAN14Q8NG11 270 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 MUL1Q969V5 352 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 METTL9Q9H1A3 318 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-247ENST00000636351 RHOFQ9HBH0 211 aa14.72□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 105.7 ms