RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	RCC1L	Q96I51	464 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	NSL1	Q96IY1	281 aa		13.14	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	LIN7B	Q9HAP6	207 aa		13.14	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	OR52A1	Q9UKL2	312 aa		13.14	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	IGKV1-27	A0A075B6S5	117 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	IGHV2-26	A0A0B4J1V2	119 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	LOC110117498-PIK3R3	F6TDL0	507 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PRKACG	P22612	351 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF322	Q6U7Q0	402 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	GDPD3	Q7L5L3	318 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	COMMD2	Q86X83	199 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ASCC1	Q8N9N2	400 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	DNAJC9	Q8WXX5	260 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CEP19	Q96LK0	163 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	OR5M11	Q96RB7	305 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	APOL4	Q9BPW4	351 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZKSCAN7	Q9P0L1	754 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	HHLA2	Q9UM44	414 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SESN1	Q9Y6P5	492 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	hADV38S2	A0JD32	116 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	F2RL2	O00254	374 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PEX14	O75381	377 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MPIG6B	O95866	241 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MRPL3	P09001	348 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ERP29	P30040	261 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CRISP1	P54107	249 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	KRTAP10-11	P60412	298 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ACTR3	P61158	418 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	BDH1	Q02338	343 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	UBE2V2	Q15819	145 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SNAPC1	Q16533	368 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	AADACL4	Q5VUY2	407 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZBTB49	Q6ZSB9	765 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	OR52N4	Q8NGI2	321 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	NRBF2	Q96F24	287 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CNN2	Q99439	309 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	TEX12	Q9BXU0	123 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM133	Q9H2Q1	129 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	INPP5E	Q9NRR6	644 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	TVP23B	Q9NYZ1	205 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	HILPDA	Q9Y5L2	63 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SNX5	Q9Y5X3	404 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PRKY	O43930	277 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MMP23A	O75900	390 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	IGLV1-47	P01700	117 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	AMY1A	P04745	511 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	AMY2A	P04746	511 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	HTR1D	P28221	377 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	FUT6	P51993	359 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	EDDM3B	P56851	147 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CXCR4	P61073	352 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SLC35A2	P78381	396 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF91	Q05481	1191 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SLC34A1	Q06495	639 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF146	Q15072	292 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	BCL2L15	Q5TBC7	163 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	FAHD1	Q6P587	224 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MEPCE	Q7L2J0	689 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CCDC54	Q8NEL0	328 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CORO2A	Q92828	525 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CLEC7A	Q9BXN2	247 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CADM1	Q9BY67	442 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ADGRL4	Q9HBW9	690 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CLN6	Q9NWW5	311 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	IKZF2	Q9UKS7	526 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100		H3BUI4	141 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MAGEB4	O15481	346 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PSPN	O60542	156 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CALB2	P22676	271 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CD34	P28906	385 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	DYNC1I2	Q13409	638 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	IL18R1	Q13478	541 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PTGES3	Q15185	160 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	NXNL2	Q5VZ03	156 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	BATF2	Q8N1L9	274 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF676	Q8N7Q3	588 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MYDGF	Q969H8	173 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	C10orf35	Q96D05	121 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	LRGUK	Q96M69	825 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CHST5	Q9GZS9	411 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	EXOSC5	Q9NQT4	235 aa	Known RBP eCLIP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	DPM3	Q9P2X0	92 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	SLC7A11	Q9UPY5	501 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	UBE2J1	Q9Y385	318 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	MEX3A	A1L020	520 aa	Known RBP	13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100		A6NIN4	97 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	GNGT2	O14610	69 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	DNAJC8	O75937	253 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	PEX2	P28328	305 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	ESRRG	P62508	458 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	HEPN1	Q6WQI6	88 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-255	ENST00000637100	CENPV	Q7Z7K6	275 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31

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