RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 TMEM163Q8TC26 289 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R14AQ96A00 147 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 EME1Q96AY2 570 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 FOXRED1Q96CU9 486 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF488Q96MN9 340 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 GPR173Q9NS66 373 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KRT84Q9NSB2 600 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GTI1 187 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 FAM90A8PA6NJQ4 464 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SAC3D1A6NKF1 404 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 K7N7A8 449 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SLX4IPQ5VYV7 408 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 LPCAT4Q643R3 524 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 RORBQ92753 470 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R14BQ96C90 147 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CIB1Q99828 191 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 APOL4Q9BPW4 351 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 TTTY10Q9BZA0 68 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ETAA1Q9NY74 926 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SLC7A11Q9UPY5 501 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZAR1LA6NP61 321 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OPN1MWP04001 364 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CHRM2P08172 466 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OPN1MW2P0DN77 364 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OPN1MW3P0DN78 364 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 C12orf73Q69YU5 71 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KLHDC1Q8N7A1 406 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 TCEANCQ8N8B7 351 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR13D1Q8NGV5 346 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PIFOQ8TCI5 191 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 MALSU1Q96EH3 234 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 C9orf16Q9BUW7 83 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OSBPL10Q9BXB5 764 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 YTHDF1Q9BYJ9 559 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHA1Q9HB21 404 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SEBOXQ9HB31 216 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR14J1Q9UGF5 321 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 WARS2Q9UGM6 360 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 MRM2Q9UI43 246 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PITPNC1Q9UKF7 332 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF701M0R085 212 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 GATBO75879 557 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KRT8P05787 483 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CCL3L1P16619 93 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 BMXP51813 675 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 DLX6P56179 175 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF273Q14593 569 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR4M1Q8NGD0 313 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 C10orf35Q96D05 121 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SLC22A13Q9Y226 551 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ODF3BA8MYP8 253 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF728P0DKX0 622 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 COX7A1P24310 79 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CEBPDP49716 269 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 FUT6P51993 359 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 LRRC36Q1X8D7 754 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 GDPD3Q7L5L3 318 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 Q8N2B8 174 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CBR4Q8N4T8 237 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR11H6Q8NGC7 330 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SLC29A1Q99808 456 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 TCF19Q9Y242 345 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SIGLEC9Q9Y336 463 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 EI24O14681 340 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CHST1O43916 411 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF737O75373 536 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SULT1C4O75897 302 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ALPLP05186 524 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR2T7P0C7T2 308 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 DYNLT3P51808 116 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 COL10A1Q03692 680 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 MEF2CQ06413 473 aaPredicted RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 TMED1Q13445 227 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KPRPQ5T749 579 aaPredicted RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF626Q68DY1 528 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KDM4DQ6B0I6 523 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB49Q6ZSB9 765 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 BCDIN3DQ7Z5W3 292 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CATSPERDQ86XM0 798 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CROCCP3Q8IVE0 287 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 Q8IYB0 196 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 OR8H2Q8N162 312 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 YIPF7Q8N8F6 280 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ASCC1Q8N9N2 400 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 RPS4Y2Q8TD47 263 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 CEP19Q96LK0 163 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ABCB10Q9NRK6 738 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 NOTCH3Q9UM47 2321 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 MYRFQ9Y2G1 1151 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SYT7O43581 403 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SERPINA3P01011 423 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ARG1P05089 322 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ALDH3A2P51648 485 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ZNF782Q6ZMW2 699 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHG7Q6ZR37 379 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 REC114Q7Z4M0 266 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ANGPTL5Q86XS5 388 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 C1QL4Q86Z23 238 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 ENTHD1Q8IYW4 607 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 SNX22Q96L94 193 aa14.9□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39 ms