RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SATL1	Q86VE3	508 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TEX29	Q8N6K0	151 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR4M2	Q8NGB6	313 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ITLN1	Q8WWA0	313 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR5P3	Q8WZ94	311 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PHYHIP	Q92561	330 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RAB1C	Q92928	201 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM106A	Q96A25	262 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MRPS26	Q9BYN8	205 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	EXOSC4	Q9NPD3	245 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UFSP2	Q9NUQ7	469 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SCOC	Q9UIL1	159 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SSR3	Q9UNL2	185 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	LSM2	Q9Y333	95 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPK0	400 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MLNR	O43193	412 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	INMT	O95050	263 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FPR2	P25090	351 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PSMD7	P51665	324 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GPM6A	P51674	278 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	LCN2	P80188	198 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MRPS11	P82912	194 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TIMM50	Q3ZCQ8	353 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B12	Q53GQ0	312 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SYT6	Q5T7P8	510 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZSR3	168 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	LHFPL2	Q6ZUX7	228 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UTS2B	Q765I0	119 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MOGAT3	Q86VF5	341 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MKX	Q8IYA7	352 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	BOLL	Q8N9W6	283 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PNLDC1	Q8NA58	520 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR1M1	Q8NGA1	313 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR51A4	Q8NGJ6	313 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR13C9	Q8NGT0	318 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TRMT10A	Q8TBZ6	339 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GTF3A	Q92664	365 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SPSB1	Q96BD6	273 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RAB39B	Q96DA2	213 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OPALIN	Q96PE5	141 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR14A2	Q96R54	314 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CHST5	Q9GZS9	411 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB16	Q9NRJ7	776 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	C1orf123	Q9NWV4	160 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RNF7	Q9UBF6	113 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FOXJ3	Q9UPW0	622 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CACNG2	Q9Y698	323 aa		7.3	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-64D	A0A0J9YX35	117 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CLDN25	C9JDP6	229 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CDIPT	O14735	213 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PDCD5	O14737	125 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SULT1B1	O43704	296 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IGHV2-5	P01817	119 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MED14OS	P0DP75	135 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CD36	P16671	472 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SRM	P19623	302 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ANOS1	P23352	680 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MYL9	P24844	172 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	AZGP1	P25311	298 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	BDKRB2	P30411	391 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HAAO	P46952	286 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MAB21L1	Q13394	359 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UBE2V2	Q15819	145 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ8	Q15842	424 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GLT8D1	Q68CQ7	371 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UNQ9370/PRO34162	Q6UXP9	181 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	KRT74	Q7RTS7	529 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DNAAF1	Q8NEP3	725 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR10AC1	Q8NH08	325 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RPS4Y2	Q8TD47	263 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NPRL2	Q8WTW4	380 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DVL3	Q92997	716 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FOXRED1	Q96CU9	486 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ADAT3	Q96EY9	351 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PGLYRP3	Q96LB9	341 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GCM1	Q9NP62	436 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NOX4	Q9NPH5	578 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM138	Q9NPI0	162 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM106B	Q9NUM4	274 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OPN4	Q9UHM6	478 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	POLDIP2	Q9Y2S7	368 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	WIPI2	Q9Y4P8	454 aa		7.29	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4E	A0A075B759	164 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TRBV5-5	A0A0J9YX44	114 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GWJ7	208 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TRDV1	A0A1B0GX56	115 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ISPD	A4D126	451 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4D	F5H284	164 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TRAPPC2L	H3BP13	241 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		J3QLI3	93 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GABRP	O00591	440 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MAS1	P04201	325 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ALDOB	P05062	364 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM225B	P0DP42	221 aa		7.28	□□□□□ -1.24

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