RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM53	Q6P2H8	277 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MTFR2	Q6P444	385 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	GLDN	Q6ZMI3	551 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZSN1	163 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CHMP1B	Q7LBR1	199 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF144B	Q7Z419	303 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	NOXA1	Q86UR1	476 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	COMMD2	Q86X83	199 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MCEMP1	Q8IX19	187 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SAXO1	Q8IYX7	474 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM104	Q8NE00	496 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CPEB3	Q8NE35	698 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR11H7	Q8NGC8	314 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6K3	Q8NGY3	331 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	GIMAP1	Q8WWP7	306 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ST8SIA4	Q92187	359 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	APOBEC3D	Q96AK3	386 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SARAF	Q96BY9	339 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF486	Q96H40	463 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	GAL3ST1	Q99999	423 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SLX1A	Q9BQ83	275 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM59	Q9BXS4	323 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	DEFB127	Q9H1M4	99 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CALHM2	Q9HA72	323 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	NOX3	Q9HBY0	568 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RANGRF	Q9HD47	186 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	UPB1	Q9UBR1	384 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	DKK4	Q9UBT3	224 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	KLK13	Q9UKR3	277 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	HSF4	Q9ULV5	492 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGL	Q9Y2B2	252 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA6	Q9Y2H5	1048 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNK7	Q9Y2U2	307 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0C4DFX4	3053 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MED12	Q93074	2177 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF292	O60281	2723 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAV6	A0A075B6T7	132 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM172BP	A6NC97	362 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A10P	A6NDY2	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A18P	A6NE21	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A16P	A6NEW6	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM235	A6NFC5	223 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A20P	A6NIJ5	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A8P	A6NJQ4	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A7P	A6NKC0	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A22P	A8MWA6	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A12P	A8MX19	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A5P	A8MXJ8	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A23P	A8MXZ1	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF736	B4DX44	427 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PYCARD-AS1	I3L0S3	204 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RRP8	O43159	456 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SNAPC5	O75971	98 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2A4	O95047	310 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB3D	O95716	219 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CYB5A	P00167	134 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	NRAS	P01111	189 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	HCK	P08631	526 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A15P	P0C7V4	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A13P	P0C7W8	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A14P	P0C7W9	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A24P	P0C7X0	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PATE4	P0C8F1	98 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ANXA3	P12429	323 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	GTF2F2	P13984	249 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MGMT	P16455	207 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TUBG1	P23258	451 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CPT2	P23786	658 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PTGER4	P35408	488 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	VEGFC	P49767	419 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RBP2	P50120	134 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PMP22	Q01453	160 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	DHODH	Q02127	395 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SRSF4	Q08170	494 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CBX3	Q13185	183 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	GK2	Q14410	553 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MPPED2	Q15777	294 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	C3AR1	Q16581	482 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF2S3L	Q2VIR3	472 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	DEFB109B	Q30KR1	87 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ACSF3	Q4G176	576 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RNASE12	Q5GAN4	147 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PLAC9	Q5JTB6	97 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF626	Q68DY1	528 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SFRP4	Q6FHJ7	346 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ELP2	Q6IA86	826 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2A2	Q6IF42	318 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FAHD2B	Q6P2I3	314 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZT83	130 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	C1QL2	Q7Z5L3	287 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FJX1	Q86VR8	437 aa		4.76	□□□□□ -1.65

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