RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR7A2	O43488	359 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	C1QB	P02746	253 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MT-ND4	P03905	459 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF735	P0CB33	412 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SULT1A3	P0DMM9	295 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SULT1A4	P0DMN0	295 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	HIST1H1D	P16402	221 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF24	P17028	368 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ACKR3	P25106	362 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	STOM	P27105	288 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PTGFR	P43088	359 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CCL11	P51671	97 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CCR6	P51684	374 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM50B	P56557	158 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM3A	P98173	230 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SRSF6	Q13247	344 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MEF2D	Q14814	521 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RBMS2	Q15434	407 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CDSN	Q15517	529 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PCGF3	Q3KNV8	242 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00303	Q3SY05	128 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CLVS2	Q5SYC1	327 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	C1QTNF12	Q5T7M4	302 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	METTL11B	Q5VVY1	283 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXW9	Q5XUX1	488 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NSUN5P2	Q63ZY6	315 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	AWAT2	Q6E213	333 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RTL6	Q6ICC9	239 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	STEAP1B	Q6NZ63	245 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GLIPR1L1	Q6UWM5	242 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZS92	163 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZTK2	550 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC36A1	Q7Z2H8	476 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NUFIP2	Q7Z417	695 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ANGPTL5	Q86XS5	388 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GABRG1	Q8N1C3	465 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SPIC	Q8N5J4	248 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PNLDC1	Q8NA58	520 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSCAN4	Q8NAM6	433 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PXT1	Q8NFP0	134 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	STEAP2	Q8NFT2	490 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR56B1	Q8NGI3	324 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR4C16	Q8NGL9	310 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1K1	Q8NGR3	316 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR7L	Q8NHP1	331 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ASB13	Q8WXK3	278 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	BCL2L2	Q92843	193 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PHF21A	Q96BD5	680 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS24	Q96EL2	167 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	POM121L2	Q96KW2	1035 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF75A	Q96N20	296 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A21	Q9BQT8	299 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	URM1	Q9BTM9	101 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CST11	Q9H112	138 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR51J1	Q9H342	316 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNK15	Q9H427	330 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC23A1	Q9UHI7	598 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CSAG2	Q9Y5P2	127 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	EML6	Q6ZMW3	1958 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	DOCK10	Q96BY6	2186 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MEIKIN	A0A087WXM9	373 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF816-ZNF321P	A0A0X1KG74	233 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINE3	A8MV23	424 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	AHRR	A9YTQ3	701 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	TPD52L2	O43399	206 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SSX5	O60225	188 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF780A	O75290	641 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CST4	P01036	141 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	LCAT	P04180	440 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CD3D	P04234	171 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CRH	P06850	196 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	PTHLH	P12272	177 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	COX5A	P20674	150 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ERP29	P30040	261 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CBX5	P45973	191 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR3A4P	P47883	348 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FUT6	P51993	359 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	RAP2B	P61225	183 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF92	Q03936	586 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	SRY	Q05066	204 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXL1	Q12952	345 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	MAB21L1	Q13394	359 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF169	Q14929	603 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CDK10	Q15131	360 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	FCN2	Q15485	313 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNJ8	Q15842	424 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CARTPT	Q16568	116 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ST3GAL2	Q16842	350 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFP69	Q49AA0	526 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	CDNF	Q49AH0	187 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	ACTBL2	Q562R1	376 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	NHLRC3	Q5JS37	347 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10K2	Q6IF99	312 aa		4.77	□□□□□ -1.65

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