RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-216	ENST00000601816	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		32.89	■■■□□ 2.86
PNKP-216	ENST00000601816	PCNT	O95613	3336 aa		32.89	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	UTY	O14607	1347 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	GML	Q99445	158 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	32.87	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	KLRK1	P26718	216 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	USP48	Q86UV5	1035 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	FBXW7	Q969H0	707 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	32.87	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	USP17L8	P0C7I0	530 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	TAF5L	O75529	589 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	DACT2	Q5SW24	774 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	KAZALD1	Q96I82	304 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	GGA3	Q9NZ52	723 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PNKP-216	ENST00000601816	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	SNAP23	O00161	211 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816		A0A1B0GUL6	1792 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ECE1	P42892	770 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	CAPNS2	Q96L46	248 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	MXD3	Q9BW11	206 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ADM5	C9JUS6	153 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	SULF1	Q8IWU6	871 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	CD209	Q9NNX6	404 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	PLIN1	O60240	522 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	SCARF1	Q14162	830 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	IFFO2	Q5TF58	517 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	GRM1	Q13255	1194 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	DLK2	Q6UY11	383 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	OGFOD1	Q8N543	542 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	AIDA	Q96BJ3	306 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	GTF2I	P78347	998 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	USP44	Q9H0E7	712 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PNKP-216	ENST00000601816	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	MIER1	Q8N108	512 aa		32.76	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		32.76	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	WBP1L	Q9NX94	342 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	FOXN1	O15353	648 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	MMP14	P50281	582 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	IL1R1	P14778	569 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	UBE4A	Q14139	1066 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	HUNK	P57058	714 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	CDCA5	Q96FF9	252 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PNKP-216	ENST00000601816	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	32.68	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	WNT10B	O00744	389 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	KIF16B	Q96L93	1317 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	AOC2	O75106	756 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	MAP2K2	P36507	400 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	LRRC24	Q50LG9	513 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	METTL24	Q5JXM2	366 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	SASH1	O94885	1247 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	CERS5	Q8N5B7	392 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	32.64	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PNKP-216	ENST00000601816	GYG1	P46976	350 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	32.63	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	32.63	■■■□□ 2.81
PNKP-216	ENST00000601816	TNS4	Q8IZW8	715 aa		32.63	■■■□□ 2.81

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