RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 USP17L8P0C7I0 530 aa28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 ZNF280AP59817 542 aaPredicted RBP28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 SLFN5Q08AF3 891 aa28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 CYP4F22Q6NT55 531 aa28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 SAPCD2Q86UD0 394 aa28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 WBP1LQ9NX94 342 aa28.45■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 POLR2AP24928 1970 aaKnown RBP28.44■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 MAP2K1Q02750 393 aaPredicted RBP28.44■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 CCDC57Q2TAC2 916 aa28.44■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 EPHA10Q5JZY3 1008 aa28.44■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 TXNRD3Q86VQ6 643 aa28.44■■■□□ 2.14
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CLN3-232ENST00000568443 GMLQ99445 158 aa28.44■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 ZNF609O15014 1411 aa28.43■■■□□ 2.14
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CLN3-232ENST00000568443 FBXW7Q969H0 707 aa28.43■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 DLK2Q6UY11 383 aa28.42■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 CCER2I3L3R5 266 aa28.41■■■□□ 2.14
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CLN3-232ENST00000568443 SCARF1Q14162 830 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 TAF7LQ5H9L4 462 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 STRIP1Q5VSL9 837 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 SULF1Q8IWU6 871 aa28.41■■■□□ 2.14
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CLN3-232ENST00000568443 MYOZ2Q9NPC6 264 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 GGA3Q9NZ52 723 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 ADM5C9JUS6 153 aa28.4■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 KLRK1P26718 216 aa28.4■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 DACT2Q5SW24 774 aa28.4■■■□□ 2.14
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CLN3-232ENST00000568443 TAF5LO75529 589 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 OGFOD1Q8N543 542 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 SSH1Q8WYL5 1049 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 CDCA7LQ96GN5 454 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 ZNF594Q96JF6 807 aaPredicted RBP28.39■■■□□ 2.14
CLN3-232ENST00000568443 PTPRCP08575 1304 aa28.39■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 TTLL5Q6EMB2 1281 aa28.38■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 MXD3Q9BW11 206 aa28.38■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 ASTN2O75129 1339 aaPredicted RBP28.38■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 MYO3BQ8WXR4 1341 aa28.38■■■□□ 2.13
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CLN3-232ENST00000568443 CNNM1Q9NRU3 951 aa28.37■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 SNAP23O00161 211 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 NBPF7P0C2Y1 421 aaPredicted RBP28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 MAP2K2P36507 400 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 HUNKP57058 714 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 C2orf69Q8N8R5 385 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 SUCLG2Q96I99 432 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 BEGAINQ9BUH8 593 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 PRDM10Q9NQV6 1147 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 PLIN1O60240 522 aa28.35■■■□□ 2.13
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CLN3-232ENST00000568443 GBA2Q9HCG7 927 aaPredicted RBP28.35■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 GTF2IP78347 998 aa28.34■■■□□ 2.13
CLN3-232ENST00000568443 ALDH1L2Q3SY69 923 aa28.34■■■□□ 2.13
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CLN3-232ENST00000568443 LBX1P52954 281 aa28.33■■■□□ 2.13
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CLN3-232ENST00000568443 ZNF804AQ7Z570 1209 aa28.32■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP28.32■■■□□ 2.12
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CLN3-232ENST00000568443 CDCA5Q96FF9 252 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 BICC1Q9H694 974 aaKnown RBP28.31■■■□□ 2.12
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CLN3-232ENST00000568443 PITPNM2Q9BZ72 1349 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 IRS2Q9Y4H2 1338 aa28.3■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 KIAA0825Q8IV33 1275 aa28.3■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 THSD7BQ9C0I4 1608 aa28.29■■■□□ 2.12
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CLN3-232ENST00000568443 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP28.27■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 IL1R1P14778 569 aa28.27■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 NOGQ13253 232 aa28.27■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP28.27■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 PUS3Q9BZE2 481 aaKnown RBP28.27■■■□□ 2.12
CLN3-232ENST00000568443 USP44Q9H0E7 712 aa28.27■■■□□ 2.12
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CLN3-232ENST00000568443 A0A1B0GUL6 1792 aa28.26■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 CAPN15O75808 1086 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 ZNF157P51786 506 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 UBE4AQ14139 1066 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD44Q8N8A2 993 aa28.25■■■□□ 2.11
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CLN3-232ENST00000568443 SASH1O94885 1247 aa28.24■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa28.24■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 MROH5Q6ZUA9 1318 aa28.23■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 CA12O43570 354 aa28.22■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 FKBP1BP68106 108 aa28.22■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 CERS5Q8N5B7 392 aa28.22■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 DLGAP5Q15398 846 aa28.21■■■□□ 2.11
CLN3-232ENST00000568443 PRAMEF18Q5VWM3 479 aa28.21■■■□□ 2.11
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