RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540183.1

SEMA4D-222, Transcript of semaphorin 4D, human

TSL 3

Gene SEMA4D, Length 176 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SEMA4D-222	ENST00000540183	TRPA1	O75762	1119 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	FBXW7	Q969H0	707 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	CCDC102A	Q96A19	550 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	RNF186	Q9NXI6	227 aa		18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	18.3	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183		H7C1W4	665 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	KLRK1	P26718	216 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	PODN	Q7Z5L7	613 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	WWC1	Q8IX03	1113 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	CSRNP1	Q96S65	589 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	STK31	Q9BXU1	1019 aa		18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	18.29	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	SLC4A2	P04920	1241 aa		18.28	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	RGS19	P49795	217 aa		18.28	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		18.28	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	DACT2	Q5SW24	774 aa		18.28	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		18.28	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	CASP7	P55210	303 aa		18.27	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	18.27	■□□□□ 0.52
SEMA4D-222	ENST00000540183	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		18.26	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	SASH1	O94885	1247 aa		18.26	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		18.26	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	ITGA6	P23229	1130 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	FLII	Q13045	1269 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	GCKR	Q14397	625 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	CCDC27	Q2M243	656 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	18.25	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	SNAP23	O00161	211 aa		18.24	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	18.24	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	WNT10B	O00744	389 aa		18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	COA1	Q9GZY4	146 aa		18.23	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	CSF1R	P07333	972 aa		18.22	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	18.22	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		18.22	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		18.22	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		18.22	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	FKBP1B	P68106	108 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	GTF2I	P78347	998 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	CHRND	Q07001	517 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	PRKG1	Q13976	671 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	IL16	Q14005	1332 aa		18.21	■□□□□ 0.51
SEMA4D-222	ENST00000540183	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183		F6X3S4	739 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	VAMP4	O75379	141 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	TAF5L	O75529	589 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	SOX10	P56693	466 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	OGFOD1	Q8N543	542 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	FZD1	Q9UP38	647 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		18.2	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	TBC1D8	O95759	1140 aa		18.19	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	18.19	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	LINS1	Q8NG48	757 aa		18.19	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		18.19	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		18.19	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	KCNJ4	P48050	445 aa		18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	FOXO4	P98177	505 aa		18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	CERS5	Q8N5B7	392 aa		18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	CD209	Q9NNX6	404 aa		18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	18.18	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		18.17	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	18.17	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	MRS2	Q9HD23	443 aa		18.17	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		18.17	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	LAMB1	P07942	1786 aa		18.17	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	JAG2	Q9Y219	1238 aa		18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	OTOF	Q9HC10	1997 aa		18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	AOX1	Q06278	1338 aa		18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		18.16	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183		F8W031	263 aa	Predicted RBP	18.15	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	BEND3	Q5T5X7	828 aa		18.15	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	18.15	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	18.15	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		18.15	■□□□□ 0.5
SEMA4D-222	ENST00000540183	NF2	P35240	595 aa		18.14	■□□□□ 0.49
SEMA4D-222	ENST00000540183	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	18.14	■□□□□ 0.49
SEMA4D-222	ENST00000540183	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		18.14	■□□□□ 0.49
SEMA4D-222	ENST00000540183	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		18.14	■□□□□ 0.49

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