RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF1BPQ96EK5 621 aa36.55■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 IRS2Q9Y4H2 1338 aa36.55■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 LARGE2Q8N3Y3 721 aa36.54■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 LPIN2Q92539 896 aa36.54■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 ZC3H12CQ9C0D7 883 aaKnown RBP36.54■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 TXNRD3Q86VQ6 643 aa36.53■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 AKAP2Q9Y2D5 859 aa36.53■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC5A1P13866 664 aa36.53■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 VPS33BQ9H267 617 aa36.53■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 RNF181Q9P0P0 153 aa36.53■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 IFIT1P09914 478 aaKnown RBP36.52■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 IL1RAPL2Q9NP60 686 aa36.52■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 A0A1B0GUL7 405 aa36.51■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 TNNI3KQ59H18 835 aa36.51■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRCC1Q9C099 1032 aa36.51■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 FPGT-TNNI3KV9GXZ4 949 aa36.51■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 C9orf131Q5VYM1 1079 aa36.5■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 C15orf52Q6ZUT6 534 aaKnown RBP36.5■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 GCC1Q96CN9 775 aa36.5■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 GPR108Q9NPR9 543 aa36.49■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 MYH13Q9UKX3 1938 aa36.49■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 TIMM10P62072 90 aa36.48■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 BCL11AQ9H165 835 aa36.48■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 SCN9AQ15858 1988 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 ADORA1P30542 326 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 GYG1P46976 350 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 DOK7Q18PE1 504 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 ERICH6BQ5W0A0 696 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 NIM1KQ8IY84 436 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 DBNDD1Q9H9R9 158 aa36.47■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 SMC5Q8IY18 1101 aa36.46■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 JDP2Q8WYK2 163 aa36.46■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 NEUROD6Q96NK8 337 aa36.46■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 SMARCA5O60264 1052 aaPredicted RBP36.45■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF804AQ7Z570 1209 aa36.45■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 CLASRPQ8N2M8 674 aaKnown RBP36.45■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 PSME4Q14997 1843 aa36.45■■■■□ 3.43
LIMCH1-211ENST00000509638 AACSQ86V21 672 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 EAF2Q96CJ1 260 aaPredicted RBP36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 G3V3G9 751 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 ECE2O60344 883 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 CAVIN4Q5BKX8 364 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 DCAF8Q5TAQ9 597 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 XAGE2Q96GT9 111 aa36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM84BQ96KN1 310 aaPredicted RBP36.44■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 TLR7Q9NYK1 1049 aaKnown RBP36.43■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 VPS37DQ86XT2 251 aa36.42■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 COA1Q9GZY4 146 aa36.42■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP36.41■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 HIBADHP31937 336 aaKnown RBP36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 BCAMP50895 628 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC136Q96JN2 1154 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 DBNDD2Q9BQY9 259 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC8Q9H0W5 538 aaPredicted RBP36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 DBNLQ9UJU6 430 aaKnown RBP36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD45Q5TZF3 282 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXO33Q7Z6M2 555 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNRF3Q9ULT6 936 aa36.4■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa36.39■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 CD209Q9NNX6 404 aa36.39■■■■□ 3.42
LIMCH1-211ENST00000509638 YDJCA8MPS7 323 aa36.38■■■■□ 3.41
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LIMCH1-211ENST00000509638 PHKA1P46020 1223 aa36.37■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP36.37■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 IFIT2P09913 472 aaKnown RBP36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC102BQ68D86 513 aa36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM2BQ8NHM5 1336 aa36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 FZD9O00144 591 aa36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 PODNQ7Z5L7 613 aa36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 PPP4R2Q9NY27 417 aa36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 IQSEC3Q9UPP2 1182 aaPredicted RBP36.36■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 IL1R1P14778 569 aa36.35■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF541Q9H0D2 1346 aa36.35■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP36.33■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNQ5Q9NR82 932 aa36.33■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 RAD17O75943 681 aa36.32■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 NUCB1Q02818 461 aa36.32■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 TDRD7Q8NHU6 1098 aaKnown RBP36.32■■■■□ 3.41
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF6P56537 245 aaKnown RBP36.32■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP36.32■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 LNPKQ9C0E8 428 aa36.32■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 GNL3LQ9NVN8 582 aaKnown RBP36.32■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP36.31■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 AKAP11Q9UKA4 1901 aa36.3■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 CHD1LQ86WJ1 897 aa36.3■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 CXCL9Q07325 125 aa36.29■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC158Q5M9N0 1113 aa36.29■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC39AQ5SRH9 613 aa36.29■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXW7Q969H0 707 aa36.29■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 JAG2Q9Y219 1238 aa36.28■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 ARID4AP29374 1257 aaPredicted RBP36.27■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 RASGRF1Q13972 1273 aa36.27■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 CIAPIN1Q6FI81 312 aa36.27■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 C16orf71Q8IYS4 520 aaPredicted RBP36.27■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 OTUD7AQ8TE49 926 aaPredicted RBP36.27■■■■□ 3.4
LIMCH1-211ENST00000509638 USP17L3A6NCW0 530 aa36.26■■■■□ 3.39
LIMCH1-211ENST00000509638 USP17L4A6NCW7 530 aa36.26■■■■□ 3.39
LIMCH1-211ENST00000509638 PSMD14O00487 310 aa36.26■■■■□ 3.39
LIMCH1-211ENST00000509638 GTF2IP78347 998 aa36.26■■■■□ 3.39
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