RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416417.5

USP4-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP4, Length 1,536 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-204ENST00000416417 HHIPL1Q96JK4 782 aa14.8□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 GMLQ99445 158 aa14.8□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 PRAMEF18Q5VWM3 479 aa14.79□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 SULF1Q8IWU6 871 aa14.79□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 C2orf69Q8N8R5 385 aa14.79□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 AGBL3Q8NEM8 1001 aa14.79□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 POLR2AP24928 1970 aaKnown RBP14.79□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 FAM155AB1AL88 458 aaPredicted RBP14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 USP17L8P0C7I0 530 aa14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 RGMBQ6NW40 437 aa14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 MOB2Q70IA6 237 aa14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 MYOZ2Q9NPC6 264 aa14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 MED23Q9ULK4 1368 aa14.78□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 ZNF157P51786 506 aaPredicted RBP14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 NBPF9Q3BBW0 867 aa14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 DACT2Q5SW24 774 aa14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 PODNQ7Z5L7 613 aa14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 WDR63Q8IWG1 891 aa14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 LINS1Q8NG48 757 aa14.77□□□□□ -0.04
USP4-204ENST00000416417 MPHOSPH8Q99549 860 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 MYH16Q9H6N6 1097 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CHMP3Q9Y3E7 222 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 MYH3P11055 1940 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 TAF5LO75529 589 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CSF1RP07333 972 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CHRNDQ07001 517 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 NOGQ13253 232 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 PLA2G12BQ9BX93 195 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ZNF804BA4D1E1 1349 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 PSME4Q14997 1843 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 SASH1O94885 1247 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 FOXO4P98177 505 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 EPHA10Q5JZY3 1008 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 COA1Q9GZY4 146 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 LEMD3Q9Y2U8 911 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CCDC85CA6NKD9 419 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 KCNJ4P48050 445 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 GTF2IP78347 998 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 BEND3Q5T5X7 828 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ZNF594Q96JF6 807 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ZNF609O15014 1411 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 UBE2Q2LH0YL09 131 aa14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 TTLL5Q6EMB2 1281 aa14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 KIAA0825Q8IV33 1275 aa14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ANKRD2Q9GZV1 360 aa14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP14.73□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CA12O43570 354 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 PLIN1O60240 522 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 TRPA1O75762 1119 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 SLC10A3P09131 477 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 STRIP1Q5VSL9 837 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 SLC4A10Q6U841 1118 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 LMBR1LQ6UX01 489 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CCDC102AQ96A19 550 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 MCOLN1Q9GZU1 580 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 JAG2Q9Y219 1238 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 WNT10BO00744 389 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 PRKG1Q13976 671 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 RASAL3Q86YV0 1011 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CSRNP1Q96S65 589 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 PCDHAC2Q9Y5I4 1007 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 CASP8AP2Q9UKL3 1982 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-204ENST00000416417 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 DGKZQ13574 1117 aa14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 OGFOD1Q8N543 542 aa14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CD209Q9NNX6 404 aa14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 RNF186Q9NXI6 227 aa14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 FZD1Q9UP38 647 aa14.71□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 PITPNM2Q9BZ72 1349 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 IRS2Q9Y4H2 1338 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 F8W031 263 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 MKRN3Q13064 507 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 TTLL12Q14166 644 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CERS5Q8N5B7 392 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 GRM8O00222 908 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 MYO3BQ8WXR4 1341 aa14.68□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 TAF7LQ5H9L4 462 aa14.68□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 SUCLG2Q96I99 432 aa14.68□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 PUS3Q9BZE2 481 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 AOX1Q06278 1338 aa14.67□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CCDC57Q2TAC2 916 aa14.67□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa14.67□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CNNM1Q9NRU3 951 aa14.67□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 PAPPA2Q9BXP8 1791 aa14.67□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 KAZALD1Q96I82 304 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 ZBED3Q96IU2 234 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 HDAC9Q9UKV0 1011 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 A0A1B0GUL6 1792 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CLRN2A0PK11 232 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 NBPF7P0C2Y1 421 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 79.6 ms