RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	ABO	P16442	354 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	M6PR	P20645	277 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ENPP1	P22413	925 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CRYGS	P22914	178 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CD96	P40200	585 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ECI1	P42126	302 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OR3A4P	P47883	348 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TAS2R46	P59540	309 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CXADR	P78310	365 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	BAMBI	Q13145	260 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	DHRS2	Q13268	280 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OR2F1	Q13607	317 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SSPN	Q14714	243 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CNN3	Q15417	329 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SURF2	Q15527	256 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	AANAT	Q16613	207 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	C2orf68	Q2NKX9	166 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	GFOD2	Q3B7J2	385 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	KRTAP27-1	Q3LI81	207 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NRN1L	Q496H8	165 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB2B2	Q4G0G5	96 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TOR2A	Q5JU69	321 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	LY6G6F	Q5SQ64	297 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PDSS1	Q5T2R2	415 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	RIPPLY2	Q5TAB7	128 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	DCAF12L2	Q5VW00	463 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	JMJD6	Q6NYC1	403 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	C6orf15	Q6UXA7	325 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	GSG1L	Q6UXU4	331 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	DBX2	Q6ZNG2	339 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TMED4	Q7Z7H5	227 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM17	Q86X19	198 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	HOGA1	Q86XE5	327 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	FAM89B	Q8N5H3	189 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZIC4	Q8N9L1	334 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM185A	Q8NFB2	350 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OR4K15	Q8NH41	348 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CPT1C	Q8TCG5	803 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NUDCD2	Q8WVJ2	157 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NKD1	Q969G9	470 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	FBXW5	Q969U6	566 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM45B	Q96B21	275 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SPSB1	Q96BD6	273 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF799	Q96GE5	643 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF385A	Q96PM9	386 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	GPER1	Q99527	375 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PHB2	Q99623	299 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NKX3-1	Q99801	234 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OCSTAMP	Q9BR26	566 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SELENOI	Q9C0D9	397 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	STRADB	Q9C0K7	418 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CHST6	Q9GZX3	395 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	MFF	Q9GZY8	342 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	FXYD6	Q9H0Q3	95 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	RGCC	Q9H4X1	137 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF224	Q9NZL3	707 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	COMMD9	Q9P000	198 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF319	Q9P2F9	582 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NUP50	Q9UKX7	468 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PADI1	Q9ULC6	663 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	NOP16	Q9Y3C1	178 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	LOXL2	Q9Y4K0	774 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SESN1	Q9Y6P5	492 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	MYO9B	Q13459	2157 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV14DV4	A0A0A6YYC5	116 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0A6YYD4	124 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV1-9	A0A0C4DH69	117 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC3C	A6NJW4	275 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF716	A6NP11	495 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PATE3	B3GLJ2	98 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SIX6	O95475	246 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CRYZL1	O95825	349 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	WDPCP	O95876	746 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	OPN1LW	P04000	364 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PDGFA	P04085	211 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SLC2A1	P11166	492 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SPTB	P11277	2137 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	MGMT	P16455	207 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	GNB3	P16520	340 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	KLK2	P20151	261 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PRKACB	P22694	351 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CPT2	P23786	658 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	FPR2	P25090	351 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	MPG	P29372	298 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	HRH1	P35367	487 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PTGFR	P43088	359 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PCBD1	P61457	104 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	CYCS	P99999	105 aa	Known RBP	5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	SORD	Q00796	357 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PPP1R1A	Q13522	171 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PLAC9	Q5JTB6	97 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PHYHD1	Q5SRE7	291 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-223	ENST00000566472	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	5.49	□□□□□ -1.53

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