RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	DPPA5	A6NC42	116 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZSCAN5B	A6NJL1	495 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	VSTM5	A8MXK1	200 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	VWC2L	B2RUY7	222 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF701	M0R085	212 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF593	O00488	134 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SULT1C4	O75897	302 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	IGHV3-13	P01766	116 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	KRT8	P05787	483 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SPARC	P09486	303 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ACSM4	P0C7M7	580 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	BMP4	P12644	408 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	FOSL1	P15407	271 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MMP15	P51511	669 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ACSM1	Q08AH1	577 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MLLT11	Q13015	90 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	PSG7	Q13046	419 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MBNL2	Q5VZF2	373 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	XAF1	Q6GPH4	301 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	DEGS2	Q6QHC5	323 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SPATC1	Q76KD6	591 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM220A	Q7Z4H9	259 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	DCXR	Q7Z4W1	244 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TIGD4	Q8IY51	512 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	OR13F1	Q8NGS4	319 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	OR2AJ1	Q8NGZ0	328 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	OTOS	Q8NHW6	89 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	YIPF5	Q969M3	257 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MGLL	Q99685	303 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ALG8	Q9BVK2	526 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TRIM36	Q9NQ86	728 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	BABAM2	Q9NXR7	383 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	PTTG3P	Q9NZH4	202 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	KLHDC2	Q9Y2U9	406 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC160	A6NGH7	325 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019		A6NHS1	94 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019		F5H5K5	113 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CCRL2	O00421	344 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SELENOF	O60613	162 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	LILRA1	O75019	489 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF254	O75437	659 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MRPL3	P09001	348 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	LIMS3	P0CW19	117 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	LIMS4	P0CW20	117 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	HSMCR30	P0CW71	290 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	DAO	P14920	347 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	COL8A2	P25067	703 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MAP2K4	P45985	399 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ETV1	P50549	477 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	HCCS	P53701	268 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TMBIM6	P55061	237 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TRAM1	Q15629	374 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CARTPT	Q16568	116 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF718	Q3SXZ3	478 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC58	Q4VC31	144 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019		Q6ZR03	302 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ST7L	Q8TDW4	575 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	THEM6	Q8WUY1	208 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM168A	Q92567	244 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SGCD	Q92629	289 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CMBL	Q96DG6	245 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ATF6B	Q99941	703 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	RHNO1	Q9BSD3	238 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MRO	Q9BYG7	248 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	HDHD2	Q9H0R4	259 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ELOVL3	Q9HB03	270 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TBCCD1	Q9NVR7	557 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ABCA2	Q9BZC7	2435 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019		A0A1W2PQL4	384 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	C17orf100	A8MU93	164 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	APOC1	P02654	83 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ALOX5AP	P20292	161 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	PSMA1	P25786	263 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	NAA10	P41227	235 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	TST	Q16762	297 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CDON	Q4KMG0	1287 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF322	Q6U7Q0	402 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	GDPGP1	Q6ZNW5	385 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	DPY19L4	Q7Z388	723 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SATL1	Q86VE3	508 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	HIST2H2AB	Q8IUE6	130 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	RAB2B	Q8WUD1	216 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	UFD1	Q92890	307 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	C1QTNF5	Q9BXJ0	243 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	NIPAL2	Q9H841	368 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	MSL2	Q9HCI7	577 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-213	ENST00000481019	PURG	Q9UJV8	347 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74

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