RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000559771.5

USP3-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 4

Gene USP3, Length 561 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-215	ENST00000559771	OR5F1	O95221	314 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PTH	P01270	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	IGHM	P01871	453 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	HIST1H2AB	P04908	130 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ALPL	P05186	524 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	HKR1	P10072	659 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ATF4	P18848	351 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CCNO	P22674	350 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	LAP3	P28838	519 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	APLNR	P35414	380 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RBM34	P42696	430 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	MAGEA2	P43356	314 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	OR1E2	P47887	323 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	LIMS1	P48059	325 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SLC6A9	P48067	706 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF84	P51523	738 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RAD23A	P54725	363 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SELENOV	P59797	346 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CSNK2B	P67870	215 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ADARB1	P78563	741 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	TEK	Q02763	1124 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PSG7	Q13046	419 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZMYND11	Q15326	602 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF718	Q3SXZ3	478 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZBED5	Q49AG3	693 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CYBRD1	Q53TN4	286 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RBM48	Q5RL73	367 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF774	Q6NX45	483 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	DOK3	Q7L591	496 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	HIST3H2A	Q7L7L0	130 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SATL1	Q86VE3	508 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	IGFN1	Q86VF2	1251 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SLC30A8	Q8IWU4	369 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	MICU2	Q8IYU8	434 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	OR5K1	Q8NHB7	308 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	NANP	Q8TBE9	248 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SNX33	Q8WV41	574 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	TMEM239	Q8WW34	195 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	NSMAF	Q92636	917 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RAB1C	Q92928	201 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	HIST1H2AC	Q93077	130 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SGTB	Q96EQ0	304 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ELMOD3	Q96FG2	381 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PYURF	Q96I23	114 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	DUX5	Q96PT3	197 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	JMJD8	Q96S16	334 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SUCNR1	Q9BXA5	334 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	TXNIP	Q9H3M7	391 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	MAN2C1	Q9NTJ4	1040 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	DECR2	Q9NUI1	292 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	RSL24D1	Q9UHA3	163 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	GPR160	Q9UJ42	338 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PURG	Q9UJV8	347 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	A4GNT	Q9UNA3	340 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SH3GLB1	Q9Y371	365 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771		A8MXK9	166 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	MCIDAS	D6RGH6	385 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	EI24	O14681	340 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	IMPA2	O14732	288 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	FFAR1	O14842	300 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SLC16A6	O15403	523 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	TPD52L2	O43399	206 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CST2	P09228	141 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	THRB	P10828	461 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF12	P17014	697 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	GATA3	P23771	443 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PRTN3	P24158	256 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CD80	P33681	288 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	GDI2	P50395	445 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	DAP3	P51398	398 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	GABARAPL2	P60520	117 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CXCR4	P61073	352 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PPP1CB	P62140	327 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	HSF2	Q03933	536 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	PAX8	Q06710	450 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF154	Q13106	437 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SCGB2A2	Q13296	93 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SGCA	Q16586	387 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	MOG	Q16653	247 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	OTP	Q5XKR4	325 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	LINC00299	Q6ZSB3	139 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	GPR141	Q7Z602	305 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	TSEN54	Q7Z6J9	526 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	THAP5	Q7Z6K1	395 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	LRRC28	Q86X40	367 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	CROCCP3	Q8IVE0	287 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	BPIFB2	Q8N4F0	458 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF283	Q8N7M2	679 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	SETD9	Q8NE22	299 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	ZNF555	Q8NEP9	628 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	LZIC	Q8WZA0	190 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-215	ENST00000559771	FAM162A	Q96A26	154 aa		4.86	□□□□□ -1.63

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