RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 NUAK2Q9H093 628 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MMP26Q9NRE1 261 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 NDUFAF4Q9P032 175 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 POLR1DQ9Y2S0 133 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 IER3IP1Q9Y5U9 82 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 TRAPPC2LH3BP13 241 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SOCS2O14508 198 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 HKR1P10072 659 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SELEP16581 610 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MMP16P51512 607 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 C1orf94Q6P1W5 598 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SMARCD3Q6STE5 483 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 C1orf87Q8N0U7 546 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ATG16L2Q8NAA4 619 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SLC7A6Q92536 515 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 BTBD10Q9BSF8 475 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 C1orf21Q9H246 121 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 VCXQ9H320 206 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 RERGLQ9H628 205 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 DCAF13Q9NV06 445 aaKnown RBP15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 LRRC42Q9Y546 428 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 UNC119BA6NIH7 251 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 LRRC30A6NM36 301 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 CEACAM18A8MTB9 384 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 IQCF6A8MYZ5 107 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 B2RBV5 119 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 RER1O15258 196 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 GMNNO75496 209 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PRTN3P24158 256 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SMIM11AP58511 58 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 FXYD6P3P58550 94 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 COX10Q12887 443 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 GLYATQ6IB77 296 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PTCHD4Q6ZW05 846 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 STMN2Q93045 179 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MCUR1Q96AQ8 359 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MEGF10Q96KG7 1140 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 C7orf34Q96L11 122 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SLC30A2Q9BRI3 323 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SPAG4Q9NPE6 437 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 TAS2R1Q9NYW7 299 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PTTG3PQ9NZH4 202 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MIOXQ9UGB7 285 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GWJ7 208 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ARPC3O15145 178 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 WNT2P09544 360 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 NCK1P16333 377 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 EGR1P18146 543 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 CDKN2AP42771 156 aaKnown RBP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ERFP50548 548 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SEC61A1P61619 476 aaKnown RBP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PAX8Q06710 450 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ECH1Q13011 328 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SLC36A3Q495N2 470 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 DNAL1Q4LDG9 190 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 BTNL3Q6UXE8 466 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 LRRN1Q6UXK5 716 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 COLCA1Q6ZS62 124 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 CELF2-AS1Q8N7Q2 184 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SIGLECL1Q8N7X8 197 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 C22orf15Q8WYQ4 148 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ERGIC1Q969X5 290 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHA8Q96JA3 519 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 FUZQ9BT04 418 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ZNF747Q9BV97 191 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 SSBP3Q9BWW4 388 aaPredicted RBP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 HCAR1Q9BXC0 346 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 ZNF69Q9UC07 566 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 PPIAL4AQ9Y536 164 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 LHFPL6Q9Y693 200 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 MEGF8Q7Z7M0 2845 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-241ENST00000635861 IGLV1-36A0A0B4J1U3 117 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 TRBV4-1A0A0J9YWV2 114 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 CLDN34H7C241 214 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 RENP00797 406 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 DBHP09172 617 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 RPS2P15880 293 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 GATA4P43694 442 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 PSME3P61289 254 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 HLXQ14774 488 aaPredicted RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 KLF17Q5JT82 389 aaPredicted RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 OR2T2Q6IF00 324 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 C9orf139Q6ZV77 190 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 JAZF1Q86VZ6 243 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 PGAM4Q8N0Y7 254 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 OR5AS1Q8N127 324 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 C1QTNF5Q9BXJ0 243 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 GORASP2Q9H8Y8 452 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 TMEM165Q9HC07 324 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 NDE1Q9NXR1 346 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 B9D1Q9UPM9 204 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 GYG2O15488 501 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 IDH3BO43837 385 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 SLC6A6P31641 620 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 MTNR1AP48039 350 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 GNB2P62879 340 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 SEC23BQ15437 767 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 RFX4Q33E94 735 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP27-1Q3LI81 207 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-241ENST00000635861 SHISA2Q6UWI4 295 aa15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 43 ms