RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCG5	Q9H222	651 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RERGL	Q9H628	205 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	MOB1A	Q9H8S9	216 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOVL3	Q9HB03	270 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	NOX4	Q9NPH5	578 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	G6PC2	Q9NQR9	355 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	MED29	Q9NX70	200 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ING3	Q9NXR8	418 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ETAA1	Q9NY74	926 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TEKT2	Q9UIF3	430 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXJ3	Q9UPW0	622 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RCE1	Q9Y256	329 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	FLVCR1	Q9Y5Y0	555 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ETV7	Q9Y603	341 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SCN2A	Q99250	2005 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	CPAMD8	Q8IZJ3	1885 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PCSK5	Q92824	1860 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0G2JMM0	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0J9YW62	118 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PPB8	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	LOC390937	A0A1W2PQ73	354 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PRS3	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	KIR3DP1	A8MWS1	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SULT2B1	O00204	365 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PLA2G10	O15496	165 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SULT1B1	O43704	296 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	GSTZ1	O43708	216 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TLX3	O43711	291 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PFDN1	O60925	122 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TMCC2	O75069	709 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC43A1	O75387	559 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	NEURL1	O76050	574 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	GLS	O94925	669 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	GPANK1	O95872	356 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PNP	P00491	289 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PLAT	P00750	562 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF4E	P06730	217 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SPARC	P09486	303 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	UBC	P0CG48	685 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAPPC2	P0DI81	140 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAPPC2B	P0DI82	140 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF823	P16415	610 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF43	P17038	809 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	IGFBP3	P17936	291 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ADRA2C	P18825	462 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	CCL1	P22362	96 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	DLST	P36957	453 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	NBL1	P41271	181 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	MMP15	P51511	669 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS10	P82664	201 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PLP2	Q04941	152 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	FMOD	Q06828	376 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF2B1	Q14232	305 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF151	Q2KHN1	245 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	IDNK	Q5T6J7	187 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RIPPLY2	Q5TAB7	128 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	STPG1	Q5TH74	334 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM244	Q5VVB8	128 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	B3GNTL1	Q67FW5	361 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ASPHD2	Q6ICH7	369 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF529	Q6P280	563 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	CCBE1	Q6UXH8	406 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	STAC2	Q6ZMT1	411 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF704	Q6ZNC4	412 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	CREB3L2	Q70SY1	520 aa		4.89	□□□□□ -1.63
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ATG4A-208	ENST00000489247	CADM3	Q8N126	398 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	KDM8	Q8N371	416 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF676	Q8N7Q3	588 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	ZIC4	Q8N9L1	334 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	DRAXIN	Q8NBI3	349 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP18	Q8NEJ0	188 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	OR9K2	Q8NGE7	335 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	OR14K1	Q8NGZ2	314 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	THEM6	Q8WUY1	208 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	DEDD2	Q8WXF8	326 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	C11orf40	Q8WZ69	217 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM45B	Q96B21	275 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	FER1L6-AS2	Q96M78	137 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	GNRHR2	Q96P88	292 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2M2	Q96R28	347 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM173A	Q9BQD7	235 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	WAC	Q9BTA9	647 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC22A4	Q9H015	551 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	SLITRK2	Q9H156	845 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	MEGF9	Q9H1U4	602 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	LDAH	Q9H6V9	325 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF122	Q9H9V4	155 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA1	Q9HB21	404 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.9 ms