RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000628078.2

TCF4-262, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 5

Gene TCF4, Length 1,277 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-262	ENST00000628078	NCK1	P16333	377 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	PMEL	P40967	661 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	CGB2	Q6NT52	195 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TREML4	Q6UXN2	200 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MBOAT2	Q6ZWT7	520 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SPATC1	Q76KD6	591 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	NAA40	Q86UY6	237 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	KLB	Q86Z14	1044 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	OFCC1	Q8IZS5	231 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MEGF10	Q96KG7	1140 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TMEM246	Q9BRR3	403 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	NUAK2	Q9H093	628 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	ZNF696	Q9H7X3	374 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	FGFR1OP2	Q9NVK5	253 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	ARMCX1	Q9P291	453 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RPS6KA6	Q9UK32	745 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078		A8MXK9	166 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	CXCR6	O00574	342 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MLNR	O43193	412 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	KHDRBS3	O75525	346 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SERPINA1	P01009	418 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	NPPA	P01160	153 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RAC2	P15153	192 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	PAX2	Q02962	417 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	LIPE	Q05469	1076 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	AQP6	Q13520	282 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	KRR1	Q13601	381 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	IFI44L	Q53G44	452 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	PTCHD4	Q6ZW05	846 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TMPRSS11F	Q6ZWK6	438 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	FAM122B	Q7Z309	247 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TSEN54	Q7Z6J9	526 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SLC15A3	Q8IY34	581 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RNF113B	Q8IZP6	322 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	OR8G5	Q8NG78	346 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	ZDHHC16	Q969W1	377 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TMIGD2	Q96BF3	282 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SRA1	Q9HD15	236 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	POLR1D	Q9Y2S0	133 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	HTR3E	A5X5Y0	456 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	OR6C6	A6NF89	314 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	BBIP1	A8MTZ0	92 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	DCTN6	O00399	190 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	PTP4A3	O75365	173 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	DIRAS1	O95057	198 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	TROVE2	P10155	538 aa	Known RBP eCLIP	11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	CDKN2A	P42771	156 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MTNR1A	P48039	350 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MAPRE2	Q15555	327 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	COQ5	Q5HYK3	327 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	BTNL3	Q6UXE8	466 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	HDX	Q7Z353	690 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	LINC00346	Q8IVM7	164 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	MUC20	Q8N307	709 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	BOLL	Q8N9W6	283 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	SIKE1	Q9BRV8	207 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	CDADC1	Q9BWV3	514 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	UFSP2	Q9NUQ7	469 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	LRCH1	Q9Y2L9	728 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TCF4-262	ENST00000628078	NDUFB2	O95178	105 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	FPR3	P25089	353 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	SRP9	P49458	86 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	FGF12	P61328	243 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	IL13RA1	P78552	427 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	MIDN	Q504T8	468 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	FGD3	Q5JSP0	725 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	PRAMEF6	Q5VXH4	476 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	C16orf87	Q6PH81	154 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	LRRN1	Q6UXK5	716 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	CBLL1	Q75N03	491 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	OR52J3	Q8NH60	311 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	SLC7A13	Q8TCU3	470 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	UPRT	Q96BW1	309 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	NEIL1	Q96FI4	390 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	NUDT16L1	Q9BRJ7	211 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	MARCH7	Q9H992	704 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	TMEM100	Q9NV29	134 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	MIOX	Q9UGB7	285 aa		11.27	□□□□□ -0.61
TCF4-262	ENST00000628078	SIGLEC7	Q9Y286	467 aa		11.27	□□□□□ -0.61

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