RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	BANF2	Q9H503	90 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ACOXL	Q9NUZ1	547 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	AIP	O00170	330 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	UPK1A	O00322	258 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC3B	P05452	202 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST1H1C	P16403	213 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB4A	P20338	218 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA0141	Q14154	515 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF705A	Q6ZN79	300 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIL	Q7L0X0	811 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR11G2	Q8NGC1	345 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51F2	Q8NH61	342 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM43	Q9BTV4	400 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLCO5A1	Q9H2Y9	848 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	MOB1A	Q9H8S9	216 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SPACA1	Q9HBV2	294 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	EXO1	Q9UQ84	846 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS1	A0A191URI9	304 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447		M0QYG6	137 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS13	O14921	159 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	GIP	P09681	153 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CBR1	P16152	277 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM11	P17152	192 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ANXA7	P20073	488 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRA1	P23415	457 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LAP3	P28838	519 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS4	P43632	304 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS1	Q14954	304 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR1C1	Q15619	314 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF628	Q5EBL2	1059 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KDM4D	Q6B0I6	523 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SH2D1B	O14796	132 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FABP1	P07148	127 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SYT14P1	Q58G82	188 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM41B	Q5BJD5	291 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLLU1	Q5K131	121 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NT5C	Q8TCD5	201 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	DVL3	Q92997	716 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SPACA9	Q96E40	222 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PDCD1LG2	Q9BQ51	273 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF768	Q9H5H4	540 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PLEKHF2	Q9H8W4	249 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CTSF	Q9UBX1	484 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL4	Q9UKA2	621 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL2	Q9UKC9	423 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KPTN	Q9Y664	436 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	GLA	P06280	429 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SPI1	P17947	270 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PHLDA2	Q53GA4	152 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LIPN	Q5VXI9	398 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM81	Q6P7N7	255 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV17	A0A0B4J275	112 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CXorf51A	A0A1B0GTR3	108 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	HMX2	A2RU54	273 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCD4	O14678	606 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ECI1	P42126	302 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB13	P51153	203 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	METAP1	P53582	386 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ARL16	Q0P5N6	197 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	HNF4G	Q14541	408 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CISD2	Q8N5K1	135 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10X1	Q8NGY0	326 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC9	Q92623	222 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ARSG	Q96EG1	525 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NARFL	Q9H6Q4	476 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ACER3	Q9NUN7	267 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	MED29	Q9NX70	200 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R4	Q9NYW5	299 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TRDV1	A0A1B0GX56	115 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLN5	O75503	358 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF74	Q16587	644 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ADGRF3	Q8IZF5	1079 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ROBO4	Q8WZ75	1007 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLCO4A1	Q96BD0	722 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GALT5	Q9Y2C3	310 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CHRM2	P08172	466 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	EMD	P50402	254 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2L13	Q8N349	312 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OPALIN	Q96PE5	141 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	C20orf85	Q9H1P6	137 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZC3H12D	A2A288	527 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NXPH3	O95157	252 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF718	Q3SXZ3	478 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LILRA6	Q6PI73	481 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CDX2	Q99626	313 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SUCNR1	Q9BXA5	334 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PLSCR3	Q9NRY6	295 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SIRPB1	O00241	398 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR8U8	P0C7N1	319 aa		11.94	□□□□□ -0.5

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