RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469802.5

COL9A3-208, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, human

TSL 2

Gene COL9A3, Length 680 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COL9A3-208	ENST00000469802	IL19	Q9UHD0	177 aa		13.76	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	B9D1	Q9UPM9	204 aa		13.76	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	POLR1D	Q9Y2S0	133 aa		13.76	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PPIAL4E	A0A075B759	164 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PPIAL4C	A0A0B4J2A2	164 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ISPD	A4D126	451 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PPIAL4D	F5H284	164 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	FSHB	P01225	129 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	FABP3	P05413	133 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	HIST1H1C	P16403	213 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TNFRSF1A	P19438	455 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	EPHA1	P21709	976 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TNFSF4	P23510	183 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	GATA3	P23771	443 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	MSX2	P35548	267 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	RBMX	P38159	391 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	SPATS1	Q496A3	300 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	DCAF12L2	Q5VW00	463 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	C1orf94	Q6P1W5	598 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	USP43	Q70EL4	1123 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	CPLX4	Q7Z7G2	160 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZBTB46	Q86UZ6	589 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	KIRREL3-AS3	Q8N7Y1	241 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	GJC3	Q8NFK1	279 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PTP4A1	Q93096	173 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	APOBEC3D	Q96AK3	386 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	CDRT15	Q96T59	188 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	NMNAT3	Q96T66	252 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TAGLN3	Q9UI15	199 aa		13.75	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802		A0A1B0GWJ7	208 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR10H3	O60404	316 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	RRM2	P31350	389 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	MMP16	P51512	607 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	DBP	Q10586	325 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TMEM155	Q4W5P6	130 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PGBD2	Q6P3X8	592 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	LEG1	Q6P5S2	330 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	CFAP77	Q6ZQR2	320 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PIGW	Q7Z7B1	504 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	JAZF1	Q86VZ6	243 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR4K13	Q8NH42	304 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ITLN1	Q8WWA0	313 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR2V2	Q96R30	315 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	UBAP1	Q9NZ09	502 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OPN4	Q9UHM6	478 aa		13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR6C68	A6NDL8	312 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802		F5H0A9	414 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	SURF4	O15260	269 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	IDH3B	O43837	385 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	REN	P00797	406 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZFP36	P26651	326 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	GGT2	P36268	569 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	IFNGR2	P38484	337 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	HILS1	P60008	231 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	BTG1	P62324	171 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	LCN2	P80188	198 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TSPAN31	Q12999	210 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZMYND11	Q15326	602 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	SLC18B1	Q6NT16	456 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	CORO6	Q6QEF8	472 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZNF771	Q7L3S4	317 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	SPIC	Q8N5J4	248 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR8G5	Q8NG78	346 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR5L1	Q8NGL2	311 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	IFT27	Q9BW83	186 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	GCM1	Q9NP62	436 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	RPRD1B	Q9NQG5	326 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	NDE1	Q9NXR1	346 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PTTG3P	Q9NZH4	202 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	PPP1R3C	Q9UQK1	317 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ARL2BP	Q9Y2Y0	163 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	LYVE1	Q9Y5Y7	322 aa		13.73	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802		A8MXK9	166 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	IQCF6	A8MYZ5	107 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	FOXH1	O75593	365 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ADRA2C	P18825	462 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	MAGEA2	P43356	314 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	HMGA2	P52926	109 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR2T2	Q6IF00	324 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	C16orf89	Q6UX73	402 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	LRRC28	Q86X40	367 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	ZDHHC21	Q8IVQ6	265 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	DEFB107A	Q8IZN7	70 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	OR5AS1	Q8N127	324 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	DEFB108B	Q8NET1	73 aa		13.72	□□□□□ -0.21
COL9A3-208	ENST00000469802	SDR9C7	Q8NEX9	313 aa		13.72	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.1 ms