RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	EIF3K	Q9UBQ5	218 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SEC14L4	Q9UDX3	406 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LRRN3	E7EW58	273 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CCNK	O75909	580 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	GABARAP	O95166	117 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NDUFB2	O95178	105 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LYPD3	O95274	346 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PLAU	P00749	431 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IGLV1-44	P01699	117 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IGHM	P01871	453 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	QDPR	P09417	244 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DANCR	P0C864	163 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PGA4	P0DJD7	388 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PGA3	P0DJD8	388 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	HLA-DOB	P13765	273 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	B4GALT1	P15291	398 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NCK1	P16333	377 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PTN	P21246	168 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	AQP2	P41181	271 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	YAP1	P46937	504 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CTXN1	P60606	82 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SPIB	Q01892	262 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DAG1	Q14118	895 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D28	Q2M2D7	210 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ADCK1	Q86TW2	530 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DHFR2	Q86XF0	187 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC22A24	Q8N4F4	322 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LRRC17	Q8N6Y2	441 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ZNF540	Q8NDQ6	660 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PFN4	Q8NHR9	129 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RHOXF1	Q8NHV9	184 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ASB10	Q8WXI3	467 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CENPN	Q96H22	339 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CIB1	Q99828	191 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	WFDC6	Q9BQY6	131 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	UQCC2	Q9BRT2	126 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MAGIX	Q9H6Y5	334 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DYNLRB1	Q9NP97	96 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	C12orf4	Q9NQ89	552 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CA10	Q9NS85	328 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TMEM38B	Q9NVV0	291 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ACTR3B	Q9P1U1	418 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ZNF346	Q9UL40	294 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MOK	Q9UQ07	419 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CMAHP	Q9Y471	501 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CELSR2	Q9HCU4	2923 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IGHV1-18	A0A0C4DH31	117 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PPR1	153 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	C12orf71	A8MTZ7	269 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ATP6V1G2-DDX39B	F2Z307	99 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		H7C417	338 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CCRL2	O00421	344 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ARPC2	O15144	300 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MRPS14	O60783	128 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	APOA1	P02647	267 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	THY1	P04216	161 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	F13B	P05160	661 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RPLP1	P05386	114 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CECR9	P0C854	216 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NR4A1	P22736	598 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	FAS	P25445	335 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC6A6	P31641	620 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	APLNR	P35414	380 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ACVR1B	P36896	505 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RAD52	P43351	418 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RAB1A	P62820	205 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MRPS15	P82914	257 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CLEC12B	Q2HXU8	276 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ZFP69	Q49AA0	526 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ZNF767P	Q75MW2	155 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MDP1	Q86V88	176 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RNF148	Q8N7C7	305 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OR52L1	Q8NGH7	329 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OR51A7	Q8NH64	312 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IPCEF1	Q8WWN9	437 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	HDAC2	Q92769	488 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MCHR2	Q969V1	340 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MUL1	Q969V5	352 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		Q96MF0	132 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CHID1	Q9BWS9	393 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CACNG6	Q9BXT2	260 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TEX12	Q9BXU0	123 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NAA50	Q9GZZ1	169 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PLK3	Q9H4B4	646 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RHCG	Q9UBD6	479 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	POLQ	O75417	2590 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		E7EQL1	145 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OVOL3	O00110	214 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NDUFS8	O00217	210 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DLGAP1	O14490	977 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SOCS2	O14508	198 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OR10H3	O60404	316 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SERPINA5	P05154	406 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SOD3	P08294	240 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CD14	P08571	375 aa		7.53	□□□□□ -1.2

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