RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556210.1

CUX1-215, Transcript of cut like homeobox 1, human

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene CUX1, Length 4,044 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-215	ENST00000556210	OR4S1	Q8NGB4	309 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ST8SIA2	Q92186	375 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	VN1R1	Q9GZP7	353 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TRAV8-7	A0A075B6U6	113 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	IGHV3-15	A0A0B4J1V0	119 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	AIP	O00170	330 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ANKRD34C	P0C6C1	535 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	RRAS	P10301	218 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MMP15	P51511	669 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	UBE2I	P63279	158 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	C2orf76	Q3KRA6	126 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ZNF704	Q6ZNC4	412 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	RELL2	Q8NC24	303 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CMBL	Q96DG6	245 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	LINC00052	Q96N35	136 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CACNA1H	O95180	2353 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	KIF26B	Q2KJY2	2108 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210		A0A1B0GV50	99 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210		C9J4A7	227 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	IGHV3-9	P01782	118 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HLA-DOB	P13765	273 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CTLA4	P16410	223 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HTR2C	P28335	458 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CRABP1	P29762	137 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	AFF3	P51826	1226 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210		Q6ZTK2	550 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	FAM57B	Q71RH2	274 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TMEM17	Q86X19	198 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SPAG16	Q8N0X2	631 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TMEM185A	Q8NFB2	350 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ZNF764	Q96H86	408 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SHD	Q96IW2	340 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SORCS2	Q96PQ0	1159 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ZFP64	Q9NPA5	681 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	POLE3	Q9NRF9	147 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	DKKL1	Q9UK85	242 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TNFSF14	O43557	240 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	GPR3	P46089	330 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	GPR85	P60893	370 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SFRP5	Q5T4F7	317 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SMIM4	Q8WVI0	70 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	KCNJ15	Q99712	375 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	OR5V1	Q9UGF6	321 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	RHBDD3	Q9Y3P4	386 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210		A0A1B0GX78	115 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	C7orf66	A4D0T2	115 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210		A8MVM7	634 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	NPIPA2	E9PIF3	369 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	NPIPA3	F8WFD2	350 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HLA-DQB1	P01920	261 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	PPP3CB	P16298	524 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	POLR2H	P52434	150 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CEBPG	P53567	150 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	WDR38	Q5JTN6	314 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	NHLRC1	Q6VVB1	395 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	AMELY	Q99218	206 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TRAF4	Q9BUZ4	470 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ABHD6	Q9BV23	337 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MRPS18A	Q9NVS2	196 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HPF1	Q9NWY4	346 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	IGHV1OR15-9	A0A0B4J2B8	117 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TMEM212	A6NML5	194 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SEC61A1	P61619	476 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	MC2R	Q01718	297 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	DYRK1A	Q13627	763 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	INPP5J	Q15735	1006 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SLC36A2	Q495M3	483 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	TMUB2	Q71RG4	321 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	FAM219A	Q8IW50	185 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	OR10K1	Q8NGX5	313 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	NUDCD2	Q8WVJ2	157 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	KLHDC3	Q9BQ90	382 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ACKR4	Q9NPB9	350 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	FRRS1L	Q9P0K9	344 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CHRNA9	Q9UGM1	479 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	GLS2	Q9UI32	602 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	PTP4A3	O75365	173 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	OR2J2	O76002	312 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HLA-A	P01891	365 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	CSTB	P04080	98 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	BCKDHB	P21953	392 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	LCN10	Q6JVE6	187 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	ZNF546	Q86UE3	836 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	SYS1	Q8N2H4	156 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	THAP6	Q8TBB0	222 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	OR51B6	Q9H340	312 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	PCOLCE2	Q9UKZ9	415 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	HRH3	Q9Y5N1	445 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	METTL12	A8MUP2	240 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CUX1-215	ENST00000556210	GABARAP	H6UMI1	98 aa		13.41	□□□□□ -0.26

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