RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	21.68	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		21.68	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		21.68	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	KSR2	Q6VAB6	950 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	TSPYL6	Q8N831	410 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	GGA1	Q9UJY5	639 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	CACNA1F	O60840	1977 aa		21.67	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	IL16	Q14005	1332 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422		G3V3G9	751 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	MAP2K2	P36507	400 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	LBX1	P52954	281 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	WWC1	Q8IX03	1113 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		21.66	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	PSME4	Q14997	1843 aa		21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	UFL1	O94874	794 aa		21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	DOK7	Q18PE1	504 aa		21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	SCN9A	Q15858	1988 aa		21.65	■■□□□ 1.06
CLN3-231	ENST00000568422	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC184	Q52MB2	194 aa		21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	21.64	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	RTL9	Q8NET4	1388 aa		21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	XDH	P47989	1333 aa		21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	SHTN1	A0MZ66	631 aa		21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	GRM1	Q13255	1194 aa		21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	21.63	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	IGKV5-2	P06315	115 aa		21.62	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	CTSW	P56202	376 aa		21.62	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	21.62	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		21.62	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF609	O15014	1411 aa		21.62	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	21.61	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	USP48	Q86UV5	1035 aa		21.61	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	21.61	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		21.61	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	SLC4A2	P04920	1241 aa		21.6	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	ATP2B4	P23634	1241 aa		21.6	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		21.6	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		21.6	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	21.6	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	SPEF2	Q9C093	1822 aa		21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	CA12	O43570	354 aa		21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	21.59	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	AOC2	O75106	756 aa		21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	EGFR	P00533	1210 aa		21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	PODN	Q7Z5L7	613 aa		21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422	MRS2	Q9HD23	443 aa		21.58	■■□□□ 1.05
CLN3-231	ENST00000568422		H7C1W4	665 aa		21.57	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	21.57	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	21.57	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	HUNK	P57058	714 aa		21.56	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	21.56	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	G2E3	Q7L622	706 aa		21.56	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		21.56	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	GREM2	Q9H772	168 aa		21.56	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	ANP32C	O43423	234 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	FLII	Q13045	1269 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	NOG	Q13253	232 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	WDR63	Q8IWG1	891 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	SULF1	Q8IWU6	871 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	MED23	Q9ULK4	1368 aa		21.55	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	USP17L3	A6NCW0	530 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	USP17L4	A6NCW7	530 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	GCKR	Q14397	625 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		21.54	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	USP17L8	P0C7I0	530 aa		21.53	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	21.53	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	21.53	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	GML	Q99445	158 aa		21.53	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	GGA3	Q9NZ52	723 aa		21.53	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	ADM5	C9JUS6	153 aa		21.52	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	21.52	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	LINS1	Q8NG48	757 aa		21.52	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		21.52	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC102A	Q96A19	550 aa		21.52	■■□□□ 1.04
CLN3-231	ENST00000568422	RGMB	Q6NW40	437 aa		21.51	■■□□□ 1.03

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