RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC93Q567U6 631 aa36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SOGA3Q5TF21 947 aa36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 PUS3Q9BZE2 481 aaKnown RBP36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 COPRSQ9NQ92 184 aa36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 PCDHB15Q9Y5E8 787 aa36.84■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 DUOX1Q9NRD9 1551 aa36.83■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 NEFLP07196 543 aa36.83■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa36.82■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 MINPP1Q9UNW1 487 aa36.82■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 HMMRO75330 724 aa36.81■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRC24Q50LG9 513 aa36.81■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 EYA2O00167 538 aa36.79■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 GPSM2P81274 684 aa36.78■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 CHRNDQ07001 517 aa36.78■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa36.78■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 CIAO1O76071 339 aa36.77■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 RTKN2Q8IZC4 609 aa36.77■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKIB1Q9P2G1 1089 aa36.77■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXO3Q9UK99 471 aa36.77■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 NSFL1CQ9UNZ2 370 aaKnown RBP36.77■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP36.76■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 XDHP47989 1333 aa36.76■■■■□ 3.48
LIMCH1-211ENST00000509638 ATG9AQ7Z3C6 839 aa36.75■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 MPNDQ8N594 471 aa36.75■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 MROH5Q6ZUA9 1318 aa36.75■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 NFKBIEO00221 500 aa36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 GRIPAP1Q4V328 841 aa36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 SURF6O75683 361 aaKnown RBP36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 METTL24Q5JXM2 366 aa36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGAP27Q6ZUM4 889 aa36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD2Q9GZV1 360 aa36.74■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 TAOK3Q9H2K8 898 aa36.73■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 PODXL2Q9NZ53 605 aa36.73■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa36.72■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 GRIN3BO60391 1043 aa36.72■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 IL15P40933 162 aaPredicted RBP36.72■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 RASSF7Q02833 373 aa36.72■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa36.72■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP36.71■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 SBF1O95248 1867 aa36.71■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 TAF5LO75529 589 aa36.7■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP36.7■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP36.7■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP36.7■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 PSMD1Q99460 953 aa36.7■■■■□ 3.47
LIMCH1-211ENST00000509638 DCAF8L1A6NGE4 600 aa36.7■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 UFL1O94874 794 aa36.7■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 GGA1Q9UJY5 639 aa36.7■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 LTBP3Q9NS15 1303 aa36.69■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 VGLL2Q8N8G2 317 aa36.69■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 TBC1D16Q8TBP0 767 aa36.68■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP36.68■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 POLLQ9UGP5 575 aa36.68■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 C6orf229H3BNL8 230 aa36.66■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 WTIPA6NIX2 430 aaPredicted RBP36.66■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNJ4P48050 445 aa36.66■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 GPR101Q96P66 508 aaPredicted RBP36.66■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 ARAP2Q8WZ64 1704 aa36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 SNAP23O00161 211 aa36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 PDE8BO95263 885 aa36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP2B4P23634 1241 aa36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 HDAC1Q13547 482 aaPredicted RBP36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP126Q9P2H0 1117 aa36.65■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF804BA4D1E1 1349 aa36.64■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 HSP90AB4PQ58FF6 505 aa36.64■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 SUPT20HQ8NEM7 779 aa36.64■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 LEMD3Q9Y2U8 911 aa36.64■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 DICER1Q9UPY3 1922 aaKnown RBP36.64■■■■□ 3.46
LIMCH1-211ENST00000509638 TFCP2Q12800 502 aa36.63■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 TIAM2Q8IVF5 1701 aa36.63■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 SASH1O94885 1247 aa36.62■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 PUM3Q15397 648 aaKnown RBP36.61■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 APBB1O00213 710 aa36.61■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 ERC1Q8IUD2 1116 aa36.61■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 TNFRSF11AQ9Y6Q6 616 aaPredicted RBP36.61■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF609O15014 1411 aa36.6■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 PRELPP51888 382 aa36.6■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 DCTPP1Q9H773 170 aa36.6■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 COL4A5P29400 1685 aa36.6■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 MED23Q9ULK4 1368 aa36.59■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 KLRK1P26718 216 aa36.59■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 AOC3Q16853 763 aa36.59■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 EYA3Q99504 573 aa36.59■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 RWDD1Q9H446 243 aaPredicted RBP36.59■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 IARSP41252 1262 aaKnown RBP36.58■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 UBE4AQ14139 1066 aa36.58■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 WASHC4Q2M389 1173 aa36.58■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 PPIP5K2O43314 1243 aa36.57■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 LMNB1P20700 586 aa36.57■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP2B3Q16720 1220 aa36.57■■■■□ 3.45
LIMCH1-211ENST00000509638 CHD4Q14839 1912 aa36.57■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMBP2O15034 1052 aa36.56■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 RAB11FIP3O75154 756 aa36.56■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 FGFR2P21802 821 aa36.56■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 KIAA2012Q0VF49 1180 aa36.56■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 IGHDP01880 384 aa36.55■■■■□ 3.44
LIMCH1-211ENST00000509638 RHPN1Q8TCX5 695 aa36.55■■■■□ 3.44
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