RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RX1	P51575	399 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXK2	Q01167	660 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC14A1	Q13336	389 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM117A	Q9C073	453 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ACOD1	A6NK06	481 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR137B	O60478	399 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	AKR7A3	O95154	331 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-9	P01782	118 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A8	P05109	93 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPZB	P47756	277 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	HMGN3	Q15651	99 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	BATF	Q16520	125 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	STT3B	Q8TCJ2	826 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	SGK3	Q96BR1	496 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO8	Q9NRD0	319 aa		12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	12.1	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RY10	O00398	339 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	DOK2	O60496	412 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	STK17B	O94768	372 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	MT-ATP6	P00846	226 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB40AL	P0C0E4	278 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	APOBEC1	P41238	236 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RX3	P56373	397 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN6	P56747	220 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF92	Q03936	586 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXC1	Q12948	553 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	VWA2	Q5GFL6	755 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FCRLA	Q7L513	359 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	BAHD1	Q8TBE0	780 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	SMAP2	Q8WU79	429 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	UPRT	Q96BW1	309 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF583	Q96ND8	569 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	NKX3-1	Q99801	234 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	C20orf27	Q9GZN8	174 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	NOX4	Q9NPH5	578 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1W2PPH5	198 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CHAT	P28329	748 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A7	P31151	101 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	NOVA1	P51513	510 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	EDDM3B	P56851	147 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	TNK1	Q13470	666 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GLCT	Q6Y288	498 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	STK35	Q8TDR2	534 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB8A	Q96BR9	441 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNJ16	Q9NPI9	418 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	COPS3	Q9UNS2	423 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	KLK4	Q9Y5K2	254 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0D9SG52	128 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	DPM1	O60762	260 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CD14	P08571	375 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	GLB1	P16278	677 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	PGF	P49763	221 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM196	Q5HYL7	178 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM122B	Q7Z309	247 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4M1	Q8NGD0	313 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL4L1	Q8NHW4	92 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	C8orf44	Q96CB5	159 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC74B	Q96LY2	380 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51B4	Q9Y5P0	310 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF705F	A8MVS1	300 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAM23	O75077	832 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	NSA2	O95478	260 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	IL2RA	P01589	272 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF705D	P0CH99	300 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF705B	P0CI00	300 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ST6GAL1	P15907	406 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ELAVL4	P26378	380 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CCR2	P41597	374 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	CRMP1	Q14194	572 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	TRMT12	Q53H54	448 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	TIGD3	Q6B0B8	471 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC28	Q86X40	367 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	GIMAP5	Q96F15	307 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	LYSMD1	Q96S90	227 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	C12orf57	Q99622	126 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	EGLN1	Q9GZT9	426 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC23A2	Q9UGH3	650 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RX6	O15547	441 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	MT-ND4	P03905	459 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR2C	P28335	458 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	EPHA5	P54756	1037 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	MAML2	Q8IZL2	1156 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	HRASLS	Q9HDD0	168 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF225	Q9UK10	706 aa		12.09	□□□□□ -0.47
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP2	P26885	142 aa	Known RBP	12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXC8	P31273	242 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	NXNL2	Q5VZ03	156 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	OLIG3	Q7RTU3	272 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	GJC3	Q8NFK1	279 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	OR56B4	Q8NH76	319 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	SELENOI	Q9C0D9	397 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	LIN7B	Q9HAP6	207 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO7	Q9Y3I1	522 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	IGLV3-27	P01718	113 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRF-215	ENST00000496447	PTAFR	P25105	342 aa		12.08	□□□□□ -0.48

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