RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 CCT8L2Q96SF2 557 aa16.03■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 SPATA5L1Q9BVQ7 753 aa16.03■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 BEX2Q9BXY8 128 aa16.03■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 CCDC134Q9H6E4 229 aa16.03■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 GMEB1Q9Y692 573 aa16.03■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 LOC390937A0A1W2PQ73 354 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 C5orf58C9J3I9 102 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 SLC43A1O75387 559 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 UPK3AO75631 287 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 IGHV4-31P0DP07 118 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 HOXB9P17482 250 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 RPS5P46782 204 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 STX1BP61266 288 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 ROR2Q01974 943 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 GUCY1A3Q02108 690 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 MFSD13AQ14CX5 517 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 LINGO2Q7L985 606 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 ADPRHL1Q8NDY3 354 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 BHLHE22Q8NFJ8 381 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 DYDC1Q8WWB3 177 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A36Q96CQ1 311 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 SORCS2Q96PQ0 1159 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 NELFAQ9H3P2 528 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 PLK3Q9H4B4 646 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 ZNF442Q9H7R0 627 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 EVA1AQ9H8M9 152 aa16.02■□□□□ 0.16
CLN3-241ENST00000635861 TGDSO95455 350 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 CECR9P0C854 216 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 NR4A2P43354 598 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 CLDN17P56750 224 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LRIF1Q5T3J3 769 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SWT1Q5T5J6 900 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 FAM91A1Q658Y4 838 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 EPGNQ6UW88 154 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SLC46A3Q7Z3Q1 461 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 KRT73Q86Y46 540 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 PIK3C3Q8NEB9 887 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 IL17RDQ8NFM7 739 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 OR6S1Q8NH40 331 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 KTI12Q96EK9 354 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SHARPINQ9H0F6 387 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 USH1CQ9Y6N9 552 aa16.02■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LMX1BO60663 402 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 NUDT7P0C024 238 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 CBR1P16152 277 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ZNF16P17020 682 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ARR3P36575 388 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ADIPOQQ15848 244 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 FAM166AQ6J272 317 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ULK3Q6PHR2 472 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 DHRS4L2Q6PKH6 230 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SLC2A7Q6PXP3 512 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 GPR137CQ8N3F9 429 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 RAB1BQ9H0U4 201 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 B3GAT1Q9P2W7 334 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 TESQ9UGI8 421 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 KCNS2Q9ULS6 477 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 CORO2BQ9UQ03 480 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 TRAV36DV7A0A075B6V5 113 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ERCC1P07992 297 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 OR4A8P0C604 315 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ARAFP10398 606 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 IDH3GP51553 393 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LGALS3BPQ08380 585 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 C1DQ13901 141 aaKnown RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 REEP3Q6NUK4 255 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 H1FNTQ75WM6 255 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 PHC2Q8IXK0 858 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LRRC8CQ8TDW0 803 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 MAL2Q969L2 176 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 C7orf26Q96N11 449 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD27Q96NW4 1050 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 EPYCQ99645 322 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 VRK1Q99986 396 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 GPR35Q9HC97 309 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 TCF7L2Q9NQB0 619 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 CORINQ9Y5Q5 1042 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 A0A096LPE4 126 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GWA3 101 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PPZ6 126 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 PRORSD1PA6NEY8 169 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 NR5A2O00482 541 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 PHF1O43189 567 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LY6HO94772 140 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 NCALDP61601 193 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ARF1P84077 181 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 GGTLC2Q14390 218 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 ALG10BQ5I7T1 473 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 GCNT6Q5T4J0 391 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 KDM8Q8N371 416 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SCAIQ8N9R8 606 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 NEU4Q8WWR8 484 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 TAAR8Q969N4 342 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SLC47A1Q96FL8 570 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 LRR1Q96L50 414 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 TMEM38AQ9H6F2 299 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 YY1AP1Q9H869 796 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SELENONQ9NZV5 590 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 USP22Q9UPT9 525 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-241ENST00000635861 SVEP1Q4LDE5 3571 aa15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 56.2 ms