RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	ACSS3	Q9H6R3	686 aa		10	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	C1orf109	Q9NX04	203 aa		10	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	NOX1	Q9Y5S8	564 aa		10	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ARHGAP32	A7KAX9	2087 aa		10	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	IGHV3OR16-10	A0A075B7F0	116 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	MDFIC2	A0A1B0GVS7	189 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	LIPT2	A6NK58	231 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TIMM23	O14925	209 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SCAMP2	O15127	329 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF208	O43345	1280 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SCN2B	O60939	215 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	STX11	O75558	287 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	C6orf47	O95873	294 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	HLA-H	P01893	362 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GPI	P06744	558 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	INHBA	P08476	426 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	KRT16	P08779	473 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	LAMP1	P11279	417 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TACR3	P29371	465 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	P2RY4	P51582	365 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PIGF	Q07326	219 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CLEC4F	Q8N1N0	589 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	KDM8	Q8N371	416 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PMM1	Q92871	262 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	POP5	Q969H6	163 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	FCRL1	Q96LA6	429 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	LINC00470	Q9BZP3	86 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	BEX1	Q9HBH7	125 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ADPRHL2	Q9NX46	363 aa		9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TES	Q9UGI8	421 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	LEF1	Q9UJU2	399 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	IGHV1-69-2	A0A0G2JMI3	117 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	FAM181B	A6NEQ2	426 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232		G3V4G9	280 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZSCAN12	O43309	604 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CRCP	O75575	148 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CLPTM1	O96005	669 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PRPH2	P23942	346 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PAFAH1B1	P43034	410 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CRYBB2	P43320	205 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ATP4B	P51164	291 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	POLR2H	P52434	150 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SH3BGR	P55822	239 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	RAG2	P55895	527 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	RPL38	P63173	70 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	RELB	Q01201	579 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	HNRNPA0	Q13151	305 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	FXN	Q16595	210 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CEACAM16	Q2WEN9	425 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ARHGAP11B	Q3KRB8	267 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	LIPM	Q5VYY2	423 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	OLFML2A	Q68BL7	652 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CLEC6A	Q6EIG7	209 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ARFGAP2	Q8N6H7	521 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GLB1L3	Q8NCI6	653 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	BHLHE22	Q8NFJ8	381 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PSMA8	Q8TAA3	256 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	OR5P2	Q8WZ92	322 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CNOT9	Q92600	299 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	KTI12	Q96EK9	354 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF75A	Q96N20	296 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PAFAH2	Q99487	392 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GAL3ST1	Q99999	423 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF350	Q9GZX5	532 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	PIF1	Q9H611	641 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GPR35	Q9HC97	309 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TNFRSF19	Q9NS68	423 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	UBAP1	Q9NZ09	502 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	NINJ2	Q9NZG7	142 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TAAR3P	Q9P1P4	343 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SLC35A3	Q9Y2D2	325 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	AUP1	Q9Y679	476 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SAR1B	Q9Y6B6	198 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		9.98	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232		A0A1B0GUS0	222 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	C17orf100	A8MU93	164 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CLDN25	C9JDP6	229 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TRAPPC2L	H3BP13	241 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	RPL36A-HNRNPH2	H7BZ11	118 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF432	O94892	652 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	GSTA1	P08263	222 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CD79A	P11912	226 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF14	P17017	642 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	MATN1	P21941	496 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	HTR3A	P46098	478 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CLDN17	P56750	224 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	CAV1	Q03135	178 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	BNIP2	Q12982	314 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF154	Q13106	437 aa		9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	TRMT5	Q32P41	509 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
CLK3-222	ENST00000568232	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		9.97	□□□□□ -0.81

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