RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	GGTLC2	Q14390	218 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CD226	Q15762	336 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DGUOK	Q16854	277 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PWWP2B	Q6NUJ5	590 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC30A6	Q6NXT4	461 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NIPAL3	Q6P499	406 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP11A	Q6P4F7	1023 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM81	Q6P7N7	255 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	APOOL	Q6UXV4	268 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RTL4	Q6ZR62	310 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC29A4	Q7RTT9	530 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD37	Q7Z713	158 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCA7	Q8IZY2	2146 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF321P	Q8N8H1	164 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC38A9	Q8NBW4	561 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	APCDD1L	Q8NCL9	501 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PSD4	Q8NDX1	1056 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	KBTBD8	Q8NFY9	601 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6S1	Q8NH40	331 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IFI44	Q8TCB0	444 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAMTS17	Q8TE56	1095 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL3L	Q92901	407 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	BORCS5	Q969J3	196 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NTNG2	Q96CW9	530 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SGTB	Q96EQ0	304 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RNFT2	Q96EX2	444 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	C20orf173	Q96LM9	149 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SAMD8	Q96LT4	415 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LMF1	Q96S06	567 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CTRC	Q99895	268 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DCUN1D5	Q9BTE7	237 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DPH1	Q9BZG8	443 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR8D2	Q9GZM6	311 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MMP27	Q9H306	513 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MCCC2	Q9HCC0	563 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	AKIP1	Q9NQ31	210 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HINT3	Q9NQE9	182 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PNO1	Q9NRX1	252 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CTSF	Q9UBX1	484 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CHRNA9	Q9UGM1	479 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	KLHL21	Q9UJP4	597 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NXT1	Q9UKK6	140 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A5	Q9Y345	797 aa		5.04	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A075B6Q4	140 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CPED1	A4D0V7	1026 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		A8MU76	341 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IDS	B3KWA1	339 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ICOSLG	O75144	302 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NADK	O95544	446 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNG	P01579	166 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ASAH2B	P0C7U1	165 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SP9	P0CG40	484 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MYL12A	P19105	171 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HK1	P19367	917 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCD3	P28288	659 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	FGF9	P31371	208 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	UQCRC1	P31930	480 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CCKBR	P32239	447 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ETV5	P41161	510 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ETV6	P41212	452 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	GRK6	P43250	576 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CRYBB2	P43320	205 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINB10	P48595	397 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PPM1F	P49593	454 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ENTPD1	P49961	510 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ETV1	P50549	477 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	BMX	P51813	675 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP2K6	P52564	334 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC26A5	P58743	744 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PRPS1	P60891	318 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	VBP1	P61758	197 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	COPZ1	P61923	177 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NCS1	P62166	190 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ITGAD	Q13349	1161 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	C1D	Q13901	141 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF74	Q16587	644 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TST	Q16762	297 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CLEC12A	Q5QGZ9	265 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	C1orf189	Q5VU69	101 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TUBA3E	Q6PEY2	450 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	C5orf46	Q6UWT4	87 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DPY19L2P2	Q6ZN68	376 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MEPCE	Q7L2J0	689 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CXXC5	Q7LFL8	322 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	BCDIN3D	Q7Z5W3	292 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OAF	Q86UD1	273 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1R3B	Q86XI6	285 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MEX3D	Q86XN8	651 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PHC2	Q8IXK0	858 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC15A4	Q8N697	577 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	EID2	Q8N6I1	236 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC75A	Q8NAA5	344 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6Q1	Q8NGQ2	317 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR13C2	Q8NGS9	318 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR5W2	Q8NH69	310 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NDNF	Q8TB73	568 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	GRHL3	Q8TE85	626 aa		5.03	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	S100Z	Q8WXG8	99 aa		5.03	□□□□□ -1.6

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.8 ms