RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564091.6

CLN3-211, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 790 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-211ENST00000564091 OR4A8P0C604 315 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 APEHP13798 732 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 MVDP53602 400 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 UBE2NP61088 152 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 COPZ1P61923 177 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 BST1Q10588 318 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ADIPOQQ15848 244 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 IQCCQ4KMZ1 466 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 LIN52Q52LA3 116 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 FAM120AOSQ5T036 256 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 WBP2NLQ6ICG8 309 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 FAM166AQ6J272 317 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NIPAL3Q6P499 406 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ANKRD16Q6P6B7 361 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ABHD12BQ7Z5M8 362 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 EPHX4Q8IUS5 362 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 KDM8Q8N371 416 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 PIF1Q9H611 641 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SEC61A2Q9H9S3 476 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 KCNK9Q9NPC2 374 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 OBP2BQ9NPH6 170 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 GPR45Q9Y5Y3 372 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 LOC390937A0A1W2PQ73 354 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 B9A039 149 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 RFXANKO14593 260 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 FRS3O43559 492 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CRYAAP02489 173 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CECR9P0C854 216 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ETFAP13804 333 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 EPHA3P29320 983 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CALCRP30988 508 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CRATP43155 626 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NAAAQ02083 359 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 RPS26P11Q5JNZ5 115 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 C1orf140Q5VVS0 124 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 PRAMEF8Q5VWM4 474 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 PRAMEF7Q5VXH5 474 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 TRIM44Q96DX7 344 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ZBTB18Q99592 522 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 PAIP2Q9BPZ3 127 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 KATNB1Q9BVA0 655 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 C19orf24Q9BVV8 132 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 BPESC1Q9GZL8 116 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CENPHQ9H3R5 247 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SSU72Q9NP77 194 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 P2RX2Q9UBL9 471 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ZNF443Q9Y2A4 671 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CHST2Q9Y4C5 530 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 DSPPQ9NZW4 1301 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NPIPB7O75200 414 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 VAMP5O95183 116 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 BCHEP06276 602 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 TFPTP0C1Z6 253 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NCF2P19878 526 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 THBS2P35442 1172 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 HOXC5Q00444 222 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 GTDC1Q4AE62 458 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ATG16L1Q676U5 607 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SERPINA11Q86U17 422 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 KIRREL3Q8IZU9 778 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SLC38A5Q8WUX1 472 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SLC25A36Q96CQ1 311 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 SOX7Q9BT81 388 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NELFAQ9H3P2 528 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 PLK3Q9H4B4 646 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 CRNNQ9UBG3 495 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 RASD1Q9Y272 281 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 V9GYY5 206 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-211ENST00000564091 ARPC4-TTLL3A0A0A6YYG9 625 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 LRP5LA4QPB2 252 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 TGFAP01135 160 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 CELA3BP08861 270 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 CRISP3P54108 245 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 CLDN17P56750 224 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 ROR2Q01974 943 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 HGFACQ04756 655 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 LRRC74AQ0VAA2 488 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 EFNB3Q15768 340 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 ZCCHC24Q8N2G6 241 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 TMEM19Q96HH6 336 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 TPT1P8Q9HAU6 139 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 CALML5Q9NZT1 146 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 SEC14L4Q9UDX3 406 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 OR6C65A6NJZ3 312 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 TMEM229AB2RXF0 380 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 FTCDNL1E5RQL4 147 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 AHSA1O95433 338 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 IGLV1-44P01699 117 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 KITP10721 976 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 PNMTP11086 282 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 ZNF23P17027 643 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 THBS4P35443 961 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 DSTNP60981 165 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 ARF1P84077 181 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 LARS2Q15031 903 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 RNF220Q5VTB9 566 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 NXNQ6DKJ4 435 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 WDR93Q6P2C0 686 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-211ENST00000564091 MYPOPQ86VE0 399 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.7 ms