RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514421.1

CCL28-204, Transcript of C-C motif chemokine ligand 28, human

TSL 3

Gene CCL28, Length 577 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCL28-204	ENST00000514421	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CASP7	P55210	303 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	GRAP	Q13588	217 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CCDC93	Q567U6	631 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	SP8	Q8IXZ3	490 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CACNA1F	O60840	1977 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	UTRN	P46939	3433 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	BCAR3	O75815	825 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	TMC4	Q7Z404	712 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	ABCC4	O15439	1325 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	NFKBIE	O00221	500 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	GRM8	O00222	908 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	ABCB7	O75027	752 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CSF1R	P07333	972 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	LMNB1	P20700	586 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	OLFM4	Q6UX06	510 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CTSW	P56202	376 aa		10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	PSMD1	Q99460	953 aa		10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	KIF16B	Q96L93	1317 aa		10.47	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	FOXO4	P98177	505 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	RASSF7	Q02833	373 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	MPND	Q8N594	471 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	USP44	Q9H0E7	712 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	RNF181	Q9P0P0	153 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CCL28-204	ENST00000514421	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		10.46	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		10.46	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	UTY	O14607	1347 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	PRELP	P51888	382 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	VPS33B	Q9H267	617 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	GREM2	Q9H772	168 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ITGA6	P23229	1130 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	PDE3A	Q14432	1141 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	SLX4	Q8IY92	1834 aa		10.44	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	RTL9	Q8NET4	1388 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	TRIM27	P14373	513 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	KAZALD1	Q96I82	304 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	SUCLG2	Q96I99	432 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	MS4A1	P11836	297 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	GPSM2	P81274	684 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	AAMP	Q13685	434 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	JDP2	Q8WYK2	163 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	C6orf229	H3BNL8	230 aa		10.41	□□□□□ -0.74
CCL28-204	ENST00000514421	PLIN1	O60240	522 aa		10.41	□□□□□ -0.74

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