RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528	CDH11	P55287	796 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PDK3	Q15120	406 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TIMM23B	Q5SRD1	257 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MRPL2	Q5T653	305 aa	Known RBP	19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	NXN	Q6DKJ4	435 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	LRRC74B	Q6ZQY2	392 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	OR52N5	Q8NH56	324 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TRMT61A	Q96FX7	289 aa	Known RBP	19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TMEM181	Q9P2C4	612 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	OSGIN1	Q9UJX0	560 aa		19.01	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CIB4	A0PJX0	185 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SHISA9	B4DS77	424 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	RNF223	E7ERA6	249 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	NDUFS7	O75251	213 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TACR3	P29371	465 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ANXA11	P50995	505 aa	Known RBP	19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ZNF83	P51522	516 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PPP2R2B	Q00005	443 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CASP12	Q6UXS9	341 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CMIP	Q8IY22	773 aa		19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CISD1	Q9NZ45	108 aa	Known RBP	19	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ZC3H12D	A2A288	527 aa	Known RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TRPC5OS	A6NMA1	111 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	RFXANK	O14593	260 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GPR171	O14626	319 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	DNPH1	O43598	174 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SNN	O75324	88 aa	Predicted RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MRPL33	O75394	65 aa	Known RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PGM3	O95394	542 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	IGHV4-39	P01824	125 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	IMPDH2	P12268	514 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	IL7R	P16871	459 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	RPS4Y1	P22090	263 aa	Known RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ACVR1B	P36896	505 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MAGEA8	P43361	318 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	POLR2H	P52434	150 aa	Known RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC16A1	P53985	500 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SPOCK1	Q08629	439 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MAPK11	Q15759	364 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	C9orf135	Q5VTT2	229 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CROCCP2	Q86T23	111 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	OR52E4	Q8NGH9	312 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TRAF4	Q9BUZ4	470 aa	Predicted RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLCO5A1	Q9H2Y9	848 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ALG2	Q9H553	416 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	THAP1	Q9NVV9	213 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ASB6	Q9NWX5	421 aa		18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GDF2	Q9UK05	429 aa	Predicted RBP	18.99	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CHD3	Q12873	2000 aa	Known RBP	18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ZNF500	O60304	480 aa	Predicted RBP	18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CD8A	P01732	235 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	DBI	P07108	87 aa	Known RBP	18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GKN3P	P0CG01	181 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	HTR3A	P46098	478 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CLK1	P49759	484 aa	Known RBP	18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	EPS8	Q12929	822 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GNA13	Q14344	377 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	P2RY8	Q86VZ1	359 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	VRK2	Q86Y07	508 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	DDIT4L	Q96D03	193 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MTHFD2L	Q9H903	347 aa	Predicted RBP	18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	RLIM	Q9NVW2	624 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MALT1	Q9UDY8	824 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TRAPPC4	Q9Y296	219 aa		18.98	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CFAP73	A6NFT4	308 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ITGA5	P08648	1049 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ETFA	P13804	333 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	FKBP2	P26885	142 aa	Known RBP	18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC1A3	P43003	542 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC35A1	P78382	337 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	H3F3A	P84243	136 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GTDC1	Q4AE62	458 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ZNF836	Q6ZNA1	936 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MAVS	Q7Z434	540 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GLB1L3	Q8NCI6	653 aa	Predicted RBP	18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	AURKB	Q96GD4	344 aa	Predicted RBP	18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TAS2R16	Q9NYV7	291 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	FLVCR1	Q9Y5Y0	555 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC25A15	Q9Y619	301 aa		18.97	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	KIAA1324L	A8MWY0	1029 aa	Predicted RBP	18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528		M0R1B8	84 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	ZNF208	O43345	1280 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	SLC22A3	O75751	556 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	KRT75	O95678	551 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	BCHE	P06276	602 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	IDO1	P14902	403 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	IDUA	P35475	653 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	CRAT	P43155	626 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	MVD	P53602	400 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	TXNL4A	P83876	142 aa	Known RBP	18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	LRRC74A	Q0VAA2	488 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	GABRA6	Q16445	453 aa		18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	PDCD4	Q53EL6	469 aa	Known RBP	18.96	■□□□□ 0.63
USP40-215	ENST00000484528	RPS26P11	Q5JNZ5	115 aa	Predicted RBP	18.96	■□□□□ 0.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 82.3 ms