RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	OLIG3	Q7RTU3	272 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RANBP3L	Q86VV4	465 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CXorf67	Q86X51	503 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	P3H2	Q8IVL5	708 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC01356	Q8N9X3	169 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF540	Q8NDQ6	660 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PLPP5	Q8NEB5	264 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	C17orf47	Q8NEP4	570 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR51Q1	Q8NH59	317 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1L3	Q8NH93	324 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGX	Q8TBF5	258 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	BRIX1	Q8TDN6	353 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RORB	Q92753	470 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NAT6	Q93015	286 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC41A3	Q96GZ6	507 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RBM18	Q96H35	190 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MPP4	Q96JB8	637 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HS6ST2	Q96MM7	605 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC46A1	Q96NT5	459 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DGAT2	Q96PD7	388 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MCHR1	Q99705	422 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF559	Q9BR84	538 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	COPS4	Q9BT78	406 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ALOXE3	Q9BYJ1	711 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXD1	Q9GZZ0	328 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SPRTN	Q9H040	489 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MYO10	Q9HD67	2058 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KRCC1	Q9NPI7	259 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NECTIN3	Q9NQS3	549 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOSC3	Q9NQT5	275 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ST6GALNAC1	Q9NSC7	600 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CLN6	Q9NWW5	311 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SOHLH2	Q9NX45	425 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IMPAD1	Q9NX62	359 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HCN3	Q9P1Z3	774 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ERVK-18	Q9QC07	812 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RHCG	Q9UBD6	479 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXO4	Q9UKT5	387 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MKLN1	Q9UL63	735 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EDAR	Q9UNE0	448 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PPIE	Q9UNP9	301 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CLCA2	Q9UQC9	943 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CFL2	Q9Y281	166 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM5	Q9Y2B1	443 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGA9	Q9Y5G4	932 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGA3	Q9Y5H0	932 aa		5.1	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SNRNP200	O75643	2136 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NUP214	P35658	2090 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF17	Q96PE2	2063 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0B4J2E0	115 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1B0GX12	115 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1B0GX78	115 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GXYLT2	A0PJZ3	443 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IRGM	A1A4Y4	181 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FRG2C	A6NGY1	282 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6C76	A6NM76	312 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PTGES3L	E9PB15	166 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PEX12	O00623	359 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC22A1	O15245	554 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CHP2	O43745	196 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	INMT	O95050	263 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IL33	O95760	270 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV1D-16	P01601	117 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FOLR1	P15328	257 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CCNA2	P20248	432 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HTR2A	P28223	471 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TGFBR2	P37173	567 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ACAA2	P42765	397 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PPIC	P45877	212 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IDH2	P48735	452 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SMS	P52788	366 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP12A	P54707	1039 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GAS1	P54826	345 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLURP1	P55000	103 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC37A1	P57057	533 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	BTG2	P78543	158 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MAT1A	Q00266	395 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ACY1	Q03154	408 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKCD	Q05655	676 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGF	Q07326	219 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC13A2	Q13183	592 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ODF1	Q14990	250 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOSC7	Q15024	291 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1Q1	Q15612	314 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ELAVL1	Q15717	326 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF528	Q3MIS6	628 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR107	Q5VW38	600 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NKAIN2	Q5VXU1	208 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	VASN	Q6EMK4	673 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RHBDD2	Q6NTF9	364 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL13AP3	Q6NVV1	102 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHM3	Q6ZWE6	761 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	COX15	Q7KZN9	410 aa		5.09	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF367	Q7RTV3	350 aa		5.09	□□□□□ -1.59

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