RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000325599.12

SHQ1-201, Transcript of SHQ1, H/ACA ribonucleoprotein assembly factor, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SHQ1, Length 2,879 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHQ1-201ENST00000325599 ZNF542PQ5EBM4 170 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CNIH2Q6PI25 160 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 THSD4Q6ZMP0 1018 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TMEM91Q6ZNR0 172 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RANBP3LQ86VV4 465 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 LINC00469Q8N7U9 141 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 COX18Q8N8Q8 333 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 MEIOCA2RUB1 952 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 AKAP8O43823 692 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 STX11O75558 287 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 LYPD3O95274 346 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CTSBP07858 339 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CTHP32929 405 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NUDT1P36639 197 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SRP54P61011 504 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 B2MP61769 119 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TRIM48Q8IWZ4 208 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TMEM99Q8N816 258 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 OR13C2Q8NGS9 318 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 FANK1Q8TC84 345 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TMEM239Q8WW34 195 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TIMP4Q99727 224 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ATF6BQ99941 703 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ZFYVE21Q9BQ24 234 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 MED17Q9NVC6 651 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CLDND1Q9NY35 253 aa15.17■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 REM1O75628 298 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 HMGN1P05114 100 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 PSKH1P11801 424 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TBXA2RP21731 343 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 GABRA3P34903 492 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ASAH1Q13510 395 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 KLHL12Q53G59 568 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 DGAT2L6Q6ZPD8 337 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ABHD13Q7L211 337 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 GLCCI1Q86VQ1 547 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SAMD14Q8IZD0 417 aaPredicted RBP15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CAMKVQ8NCB2 501 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RANGRFQ9HD47 186 aaPredicted RBP15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NCKAP1Q9Y2A7 1128 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 GRIP1Q9Y3R0 1128 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CDHR4A6H8M9 788 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 J3QRE1 110 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 BHLHE40O14503 412 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SHOXO15266 292 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 THBS1P07996 1170 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NID1P14543 1247 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SNRPD2P62316 118 aaKnown RBP15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TMEM92Q6UXU6 159 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 GDPD1Q8N9F7 314 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 GRHL3Q8TE85 626 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 AP3S1Q92572 193 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CD180Q99467 661 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SLC22A4Q9H015 551 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RNF32Q9H0A6 362 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 BRWD1Q9NSI6 2320 aa15.16■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 URADA6NGE7 173 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CYR61O00622 381 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RFPL3O75679 317 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 HLA-DPB1P04440 258 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 DBIP07108 87 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CELA2BP08218 269 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 HOXC4P09017 264 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RPS4Y1P22090 263 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 KIR2DL3P43628 341 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 LBX1P52954 281 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 AP2S1P53680 142 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 PRICKLE4Q2TBC4 344 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 EIPR1Q53HC9 387 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NIPAL3Q6P499 406 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NR2C2APQ86WQ0 139 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 RERGQ96A58 199 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 HS6ST2Q96MM7 605 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 TRAV27A0A087WT01 109 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SGK494L7N484 410 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 APBB3O95704 486 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 MRPL3P09001 348 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 CLUP10909 449 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 HNRNPA2B1P22626 353 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 SLC16A1P53985 500 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 MGAT2Q10469 447 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 IGSF11Q5DX21 431 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 NOXA1Q86UR1 476 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ZNF614Q8N883 585 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 OR52N1Q8NH53 320 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 OR51A7Q8NH64 312 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 BRIX1Q8TDN6 353 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 DNAJA4Q8WW22 397 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 PTP4A1Q93096 173 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 LDHAL6BQ9BYZ2 381 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 B3GAT2Q9NPZ5 323 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 ACOXLQ9NUZ1 547 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 USP36Q9P275 1121 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 FBXL4Q9UKA2 621 aa15.15■□□□□ 0.02
SHQ1-201ENST00000325599 A0A0B4J293 547 aa15.14■□□□□ 0.01
SHQ1-201ENST00000325599 ADAM11O75078 769 aa15.14■□□□□ 0.01
SHQ1-201ENST00000325599 ATP1B1P05026 303 aa15.14■□□□□ 0.01
SHQ1-201ENST00000325599 NOS3P29474 1203 aa15.14■□□□□ 0.01
SHQ1-201ENST00000325599 TPMTP51580 245 aa15.14■□□□□ 0.01
SHQ1-201ENST00000325599 Q6ZSR6 202 aa15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.3 ms