RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000339859.8

USP54-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene USP54, Length 6,247 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-201ENST00000339859 GPR4P46093 362 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMEM207Q6UWW9 146 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SIRT6Q8N6T7 355 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CHST4Q8NCG5 386 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMEM80Q96HE8 168 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 RDH12Q96NR8 316 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TTYH2Q9BSA4 534 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CCDC86Q9H6F5 360 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 RXFP3Q9NSD7 469 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GPR160Q9UJ42 338 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ATG4BQ9Y4P1 393 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMEM184BQ9Y519 407 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ENPP4Q9Y6X5 453 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 MEN1O00255 615 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PPP6CO00743 305 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CSTBP04080 98 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 UCNP55089 124 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SLC26A5P58743 744 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 MZT1Q08AG7 82 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CHAF1BQ13112 559 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SEC23BQ15437 767 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TIGD6Q17RP2 521 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 FAM71E1Q6IPT2 247 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 LEG1Q6P5S2 330 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CYHR1Q6ZMK1 362 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 B3GNT7Q8NFL0 401 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ABHD11Q8NFV4 315 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 OR5T3Q8NGG3 340 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PGAM5Q96HS1 289 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 FAM46AQ96IP4 442 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GUCD1Q96NT3 240 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 UCKL1Q9NWZ5 548 aa9.48□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 IGHV3-20A0A0C4DH32 117 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 LINC00854A0A1B0GVQ3 168 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 J3QLW9 94 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 JRKO75564 520 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 NDUFB2O95178 105 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CRYABP02511 175 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ZNF19P17023 458 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 FKBP2P26885 142 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SPATC1Q76KD6 591 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CAPSLQ8WWF8 208 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SPTSSAQ969W0 71 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 NMD3Q96D46 503 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PRRC1Q96M27 445 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 FRMD6Q96NE9 622 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 HMG20AQ9NP66 347 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SUSD5O60279 629 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 MRPL33O75394 65 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 BMP4P12644 408 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CAPN3P20807 821 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 S1PR1P21453 382 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GCH1P30793 250 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TRHRP34981 398 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GCGRP47871 477 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SSPNQ14714 243 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 LTB4RQ15722 352 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ZNF829Q3KNS6 432 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PYDC2Q56P42 97 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMPRSS9Q7Z410 1059 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 MROQ9BYG7 248 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 A0A1B0GW55 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ATE1O95260 518 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 HCKP08631 526 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L2P0CJ85 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L3P0CJ86 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L4P0CJ87 422 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L5P0CJ88 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L6P0CJ89 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4L7P0CJ90 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 FCGR2AP12318 317 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ENPP1P22413 925 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 AIMP2Q13155 320 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SHFQ7M4L6 423 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PRSS42Q7Z5A4 293 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 PAQR7Q86WK9 346 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 NRMQ8IXM6 262 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ENKURQ8TC29 256 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMEM239Q8WW34 195 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SPRYD4Q8WW59 207 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DUX4Q9UBX2 424 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 MRPS7Q9Y2R9 242 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ZNF337Q9Y3M9 751 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 HTR3EA5X5Y0 456 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GKN3PP0CG01 181 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 GGT2P36268 569 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 KCNJ10P78508 379 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 ZNF528Q3MIS6 628 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CCNJQ5T5M9 372 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SLC18B1Q6NT16 456 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 WDR53Q7Z5U6 358 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 C3orf30Q96M34 536 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 RBM24Q9BX46 236 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 DDX28Q9NUL7 540 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 RIMS3Q9UJD0 308 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 TMPRSS11EQ9UL52 423 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 SFTPCP11686 197 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 CD79AP11912 226 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 RHAGQ02094 409 aa9.47□□□□□ -0.89
USP54-201ENST00000339859 VWA2Q5GFL6 755 aa9.47□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.8 ms