RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000618056.4

PMS1-220, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-220	ENST00000618056	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	32.08	■■■□□ 2.73
PMS1-220	ENST00000618056	NPR1	P16066	1061 aa		32.07	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	GOLGA2	Q08379	1002 aa		32.07	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		32.07	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	CRY2	Q49AN0	593 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	STK31	Q9BXU1	1019 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	32.03	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	32.02	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	LAMB2	P55268	1798 aa		32.01	■■■□□ 2.72
PMS1-220	ENST00000618056	VAMP4	O75379	141 aa		32.01	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	32.01	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	32	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	C21orf2	O43822	256 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	ALDH1B1	P30837	517 aa		31.98	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	31.98	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	NLRP3	Q96P20	1036 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	SLC4A2	P04920	1241 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	SOGA3	Q5TF21	947 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	MIER1	Q8N108	512 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	31.96	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	31.96	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	NFKBIE	O00221	500 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PMS1-220	ENST00000618056	RASSF7	Q02833	373 aa		31.95	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	31.95	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	KSR2	Q6VAB6	950 aa		31.94	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		31.94	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	SYNE4	Q8N205	404 aa		31.93	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	31.93	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	LMNB1	P20700	586 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	G2E3	Q7L622	706 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	RNF181	Q9P0P0	153 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056		E9PSI1	815 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	MYD88	Q99836	296 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	31.91	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	31.9	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	PRELP	P51888	382 aa		31.9	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	FLII	Q13045	1269 aa		31.9	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC93	Q567U6	631 aa		31.89	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	FAM89A	Q96GI7	184 aa		31.89	■■■□□ 2.7
PMS1-220	ENST00000618056	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	31.88	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		31.88	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		31.88	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	SLFN5	Q08AF3	891 aa		31.87	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF428	Q96B54	188 aa		31.87	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	31.85	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	TAF1	P21675	1872 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	SNED1	Q8TER0	1413 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	31.83	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	IGKV5-2	P06315	115 aa		31.83	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	31.83	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	OLFM4	Q6UX06	510 aa		31.83	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	31.83	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	ABCC4	O15439	1325 aa		31.82	■■■□□ 2.69
PMS1-220	ENST00000618056	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	31.82	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	MYH3	P11055	1940 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	31.8	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	31.79	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		31.79	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	BBOX1	O75936	387 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	PSMD1	Q99460	953 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		31.77	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		31.77	■■■□□ 2.68
PMS1-220	ENST00000618056	GRAP	Q13588	217 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PMS1-220	ENST00000618056	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	31.76	■■■□□ 2.67
PMS1-220	ENST00000618056	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
PMS1-220	ENST00000618056	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		31.75	■■■□□ 2.67
PMS1-220	ENST00000618056	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		31.74	■■■□□ 2.67
PMS1-220	ENST00000618056	LINS1	Q8NG48	757 aa		31.74	■■■□□ 2.67

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.7 ms