RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 APLP1P51693 650 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 FSTL1Q12841 308 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP29.23■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 CHPF2Q9P2E5 772 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP29.22■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 OLFM4Q6UX06 510 aa29.22■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 MBIPQ9NS73 344 aa29.22■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 RIC1Q4ADV7 1423 aa29.21■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP29.21■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 DUSP27Q5VZP5 1158 aa29.21■■■□□ 2.27
CLN3-232ENST00000568443 GNAI1P63096 354 aa29.2■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP29.2■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 NLRP3Q96P20 1036 aa29.2■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 IFT57Q9NWB7 429 aa29.2■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP29.2■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP29.19■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 ZNF853P0CG23 659 aa29.19■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 TCIRG1Q13488 830 aa29.19■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 CCDC184Q52MB2 194 aa29.18■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 SLC10A5Q5PT55 438 aa29.18■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 SMC1BQ8NDV3 1235 aa29.18■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP29.18■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 NLRP10Q86W26 655 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 CRAMP1Q96RY5 1269 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 SYNE4Q8N205 404 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 HYPKQ9NX55 129 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 RNF123Q5XPI4 1314 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 POTECB2RU33 542 aa29.15■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 DDNO94850 711 aaPredicted RBP29.15■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 C3orf67Q6ZVT6 689 aa29.15■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 PLBD2Q8NHP8 589 aa29.15■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP29.15■■■□□ 2.26
CLN3-232ENST00000568443 GRIPAP1Q4V328 841 aa29.13■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 WDR90Q96KV7 1748 aa29.13■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD36CQ5JPF3 1778 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 ANP32CO43423 234 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 IARSP41252 1262 aaKnown RBP29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 PSMD1Q99460 953 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP29.11■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP29.11■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP29.1■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 SH3TC1Q8TE82 1336 aa29.1■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 JDP2Q8WYK2 163 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 MRS2Q9HD23 443 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-232ENST00000568443 C8orf58Q8NAV2 365 aa29.07■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 ZNF428Q96B54 188 aa29.07■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 CHMP4AQ9BY43 222 aa29.07■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 SNED1Q8TER0 1413 aa29.06■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 IQCA1LA6NCM1 817 aa29.06■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa29.06■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 DNAJC5GQ8N7S2 189 aa29.06■■■□□ 2.24
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CLN3-232ENST00000568443 BBOX1O75936 387 aa29.05■■■□□ 2.24
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CLN3-232ENST00000568443 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa29.05■■■□□ 2.24
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CLN3-232ENST00000568443 ZNF541Q9H0D2 1346 aa29.04■■■□□ 2.24
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CLN3-232ENST00000568443 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP29.04■■■□□ 2.24
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CLN3-232ENST00000568443 WWC1Q8IX03 1113 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 LARGE2Q8N3Y3 721 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 FAM89AQ96GI7 184 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-232ENST00000568443 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP29.01■■■□□ 2.23
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CLN3-232ENST00000568443 SP8Q8IXZ3 490 aa29■■■□□ 2.23
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CLN3-232ENST00000568443 GPC2Q8N158 579 aa28.99■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 TSPYL6Q8N831 410 aa28.99■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP28.99■■■□□ 2.23
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CLN3-232ENST00000568443 SCN4AP35499 1836 aa28.99■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 GRAPQ13588 217 aa28.98■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP28.98■■■□□ 2.23
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CLN3-232ENST00000568443 POTEIP0CG38 1075 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 POTEJP0CG39 1038 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP28.97■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 SUPT20HQ8NEM7 779 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 VPS33BQ9H267 617 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 PPIP5K2O43314 1243 aa28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 DDX58O95786 925 aaKnown RBP28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 KLRG1Q96E93 195 aa28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 MYD88Q99836 296 aa28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 GJA3Q9Y6H8 435 aa28.96■■■□□ 2.23
CLN3-232ENST00000568443 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP28.95■■■□□ 2.22
CLN3-232ENST00000568443 LDHDQ86WU2 507 aa28.95■■■□□ 2.22
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