RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000520561.1

CSMD1-208, Transcript of CUB and Sushi multiple domains 1, human

TSL 4

Gene CSMD1, Length 527 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CSMD1-208	ENST00000520561	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	CEP85	Q6P2H3	762 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SMIM5	Q71RC9	77 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561		H7C1W4	665 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	MSH5	O43196	834 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SUCLG2	Q96I99	432 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	LAMB2	P55268	1798 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SLC15A2	Q16348	729 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	NYX	Q9GZU5	481 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	EP400	Q96L91	3159 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM177B	A6PVY3	158 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	CASP7	P55210	303 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	ATP8B2	P98198	1209 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SUSD4	Q5VX71	490 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	NPHP1	O15259	732 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	SRGAP3	O43295	1099 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	NTSR2	O95665	410 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	IGHD	P01880	384 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	GYS1	P13807	737 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	MTX1	Q13505	466 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	GCC1	Q96CN9	775 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM89A	Q96GI7	184 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CSMD1-208	ENST00000520561	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	KAZALD1	Q96I82	304 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	PDE8A	O60658	829 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	CTSW	P56202	376 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	NFIX	Q14938	502 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	SSH3	Q8TE77	659 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	MYH3	P11055	1940 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	ST5	P78524	1137 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	FOXO4	P98177	505 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	POLA2	Q14181	598 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	SMC5	Q8IY18	1101 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	CNBD1	Q8NA66	436 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	ABCC12	Q96J65	1359 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	DCTPP1	Q9H773	170 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	TM4SF1	P30408	202 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM161A	Q3B820	660 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	MSL1	Q68DK7	614 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	SYNE4	Q8N205	404 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CSMD1-208	ENST00000520561	LRP5	O75197	1615 aa		11.09	□□□□□ -0.63

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