RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	PRIM2	P49643	509 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GSK3B	P49841	420 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LIPE	Q05469	1076 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	BNIP2	Q12982	314 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF267	Q14586	743 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LASP1	Q14847	261 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MEP1A	Q16819	746 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	KRTCAP3	Q53RY4	240 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PIGG	Q5H8A4	983 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX59	Q5T1V6	619 aa	Known RBP eCLIP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GCNT6	Q5T4J0	391 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF468	Q5VIY5	522 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFAIP8L2	Q6P589	184 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM111B	Q6SJ93	734 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FGD2	Q7Z6J4	655 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	IFNE	Q86WN2	208 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF130	Q86XS8	419 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2L13	Q8N349	312 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF148	Q8N7C7	305 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ACBD4	Q8NC06	268 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2T12	Q8NG77	320 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR10A6	Q8NH74	314 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	M1AP	Q8TC57	530 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PPWD1	Q96BP3	646 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CLPTM1L	Q96KA5	538 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	UTP23	Q9BRU9	249 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MUC13	Q9H3R2	512 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	IKZF5	Q9H5V7	419 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MMP25	Q9NPA2	562 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	BCAP29	Q9UHQ4	241 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ITGB1BP2	Q9UKP3	347 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PACSIN3	Q9UKS6	424 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NPIPA1	Q9UND3	350 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ERVK-19	Q9WJR5	959 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CLDN16	Q9Y5I7	305 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CLCA3P	Q9Y6N3	262 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM247	A6NEH6	219 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PRORSD1P	A6NEY8	169 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SAGE2P	A6NJ88	616 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607		A8MUA0	341 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607		H0YHG0	523 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	UPK1A	O00322	258 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAM10	O14672	748 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GMNN	O75496	209 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	BCAS2	O75934	225 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CT62	P0C5K7	136 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HSD17B1	P14061	328 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MAGEA8	P43361	318 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SMS	P52788	366 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CASP6	P55212	293 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DSTN	P60981	165 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS26	P62854	115 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HSF1	Q00613	529 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ALDH6A1	Q02252	535 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MAP4K2	Q12851	820 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CEACAM7	Q14002	265 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	EXOSC7	Q15024	291 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RGN	Q15493	299 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNHIT3	Q15649	155 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SFT2D3	Q587I9	215 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RNFT1	Q5M7Z0	435 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PAPD4	Q6PIY7	484 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C6orf120	Q7Z4R8	191 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GALNTL5	Q7Z4T8	443 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPINA11	Q86U17	422 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXW8	Q8N3Y1	598 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52R1	Q8NGF1	315 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXO30	Q8TB52	745 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DOK4	Q8TEW6	326 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NCLN	Q969V3	563 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	REXO5	Q96IC2	774 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXL20	Q96IG2	436 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LPAR4	Q99677	370 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TRIM15	Q9C019	465 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR8D2	Q9GZM6	311 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	KAT8	Q9H7Z6	458 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	THUMPD1	Q9NXG2	353 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C19orf53	Q9UNZ5	99 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ERVK-11	Q9UQG0	969 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GMEB1	Q9Y692	573 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GSTA4	O15217	222 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ASNA1	O43681	348 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CBX7	O95931	251 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HMGN2	P05204	90 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SP1	P08047	785 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ETFA	P13804	333 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GPX2	P18283	190 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SSTR2	P30874	369 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC26A5	P58743	744 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HPCA	P84074	193 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	EXT1	Q16394	746 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TRMT12	Q53H54	448 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	COX20	Q5RI15	118 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ATAD3B	Q5T9A4	648 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C1orf146	Q5VVC0	180 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MFSD12	Q6NUT3	480 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF111	Q6ZNA4	994 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DGAT2L6	Q6ZPD8	337 aa		11.18	□□□□□ -0.62

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