RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515753.1

HERC4-215, Transcript of HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 4, human

TSL 2

Gene HERC4, Length 589 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HERC4-215	ENST00000515753	SLC8A3	P57103	927 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	UBE2H	P62256	183 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CDKL1	Q00532	357 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	LY6D	Q14210	128 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	OR1C1	Q15619	314 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TAB1	Q15750	504 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SNAI3	Q3KNW1	292 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DCAF4L1	Q3SXM0	396 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	FGD3	Q5JSP0	725 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PLPP4	Q5VZY2	271 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	RTL6	Q6ICC9	239 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TCEAL6	Q6IPX3	200 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC39A4	Q6P5W5	647 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CBLN3	Q6UW01	205 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DHRS11	Q6UWP2	260 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CCBE1	Q6UXH8	406 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	FAM89B	Q8N5H3	189 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC37A3	Q8NCC5	494 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	OR5T2	Q8NGG2	359 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	OR13C5	Q8NGS8	318 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	OR4L1	Q8NH43	312 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC41A3	Q96GZ6	507 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CFAP53	Q96M91	514 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	VPS35	Q96QK1	796 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PSKH2	Q96QS6	385 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SECISBP2	Q96T21	854 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	AGPAT1	Q99943	283 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CCDC77	Q9BR77	488 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC26A1	Q9H2B4	701 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	VCX2	Q9H322	139 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TRPV5	Q9NQA5	729 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC7A10	Q9NS82	523 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	LHX3	Q9UBR4	397 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PTBP2	Q9UKA9	531 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MRTO4	Q9UKD2	239 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	ELF5	Q9UKW6	265 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SATB2	Q9UPW6	733 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	WIPI2	Q9Y4P8	454 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CSAG2	Q9Y5P2	127 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753		R4GN57	208 aa		2.67	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	COL18A1	P39060	1754 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PIK3C2A	O00443	1686 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	EP400	Q96L91	3159 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753		A0A1W2PPR1	153 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	RNF222	A6NCQ9	220 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753		A8MVM7	634 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PI15	O43692	258 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MT-ND2	P03891	347 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	UGT2B4	P06133	528 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	ZCCHC18	P0CG32	403 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	GJB2	P29033	226 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TRIM23	P36406	574 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PTGFR	P43088	359 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TSFM	P43897	325 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	ACADSB	P45954	432 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	DNA2	P51530	1060 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CBX1	P83916	185 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TNFRSF17	Q02223	184 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	COX10	Q12887	443 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	NECTIN1	Q15223	517 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	EXT1	Q16394	746 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	ZNF528	Q3MIS6	628 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	C1orf189	Q5VU69	101 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	LYPLAL1	Q5VWZ2	237 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TPGS2	Q68CL5	300 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	PMF1	Q6P1K2	205 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	METAP1D	Q6UB28	335 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	TMEM64	Q6YI46	380 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	C17orf107	Q6ZR85	190 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	CENPU	Q71F23	418 aa		2.66	□□□□□ -1.98
HERC4-215	ENST00000515753	SLC24A5	Q71RS6	500 aa		2.66	□□□□□ -1.98

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