RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	SMAD9	O15198	467 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF888	P0CJ79	500 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IL4R	P24394	825 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CD68	P34810	354 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MPP7	Q5T2T1	576 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RANBP10	Q6VN20	620 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IL17RC	Q8NAC3	791 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLM1	Q8NBJ4	401 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ECHDC3	Q96DC8	303 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R10	Q9NYW0	307 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC14L4	Q9UDX3	406 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PCTP	Q9UKL6	214 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TTLL8	A6PVC2	850 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB5B	P61020	215 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ALG10B	Q5I7T1	473 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM236	Q5W0B7	351 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CYS1	Q717R9	158 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TIGD4	Q8IY51	512 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2L2	Q8NH16	312 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	THAP6	Q8TBB0	222 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNN1	Q92952	543 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MTMR10	Q9NXD2	777 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF28	P17035	718 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GRPR	P30550	384 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXC13	P31276	330 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NOV	P48745	357 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HK3	P52790	923 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS3	Q14952	304 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MLC1	Q15049	377 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	12.48	□□□□□ -0.41	7e-8	■■■□□ 18.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF551	Q7Z340	670 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC5A8	Q8N695	610 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC1A	Q8NC01	280 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SPRYD4	Q8WW59	207 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GAB3	Q8WWW8	586 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MKRN2	Q9H000	416 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IL17C	Q9P0M4	197 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL21	Q9UJP4	597 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SCP2D1	Q9UJQ7	156 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACAD8	Q9UKU7	415 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ERCC1	P07992	297 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RIDA	P52758	137 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GABARAPL2	P60520	117 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	POU4F2	Q12837	409 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBB3	Q13509	450 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CHRFAM7A	Q494W8	412 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	UEVLD	Q8IX04	471 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DTD2	Q96FN9	168 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10A4	Q9H209	315 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SACM1L	Q9NTJ5	587 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF701	Q9NV72	531 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GGT3P	A6NGU5	568 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C17orf105	B2RV13	164 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PLAT	P00750	562 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GNAO1	P09471	354 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFV2	P19404	249 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CD38	P28907	300 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CD40LG	P29965	261 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR4	P46093	362 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NKX2-5	P52952	324 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PNCK	Q6P2M8	343 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	LAS2	Q8IYD9	372 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLECL1	Q8IZS7	167 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR26	Q8NDV2	337 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM19	Q96HH6	336 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MTHFD2L	Q9H903	347 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TREM1	Q9NP99	234 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SH2B3	Q9UQQ2	575 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0U1RQS6	177 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	VNN2	O95498	520 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CEL	P19835	753 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ADH7	P40394	386 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR8S1	Q8NH09	359 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SFXN2	Q96NB2	322 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SECISBP2	Q96T21	854 aa	Known RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	AIFM2	Q9BRQ8	373 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	STRA6	Q9BX79	667 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MKS1	Q9NXB0	559 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DRGX	A6NNA5	263 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	XPNPEP2	O43895	674 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RP2	O75695	350 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF252P-AS1	Q0IIN9	211 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KCTD9	Q7L273	389 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYGN	Q8WXF5	182 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NUFIP1	Q9UHK0	495 aa	Known RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TCHH	Q07283	1943 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0A6YYC8	382 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		I3L1I5	382 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SGK494	L7N484	410 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RDH16	O75452	317 aa		12.47	□□□□□ -0.41

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