RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514110.5

SNHG4-208, Transcript of small nucleolar RNA host gene 4, human

TSL 1 (best)

Gene SNHG4, Length 679 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleoplasm .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNHG4-208	ENST00000514110	WIPI1	Q5MNZ9	446 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	C6orf163	Q5TEZ5	329 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FAM111B	Q6SJ93	734 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PAGE2	Q7Z2X7	111 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	COMMD6	Q7Z4G1	85 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	LACC1	Q8IV20	430 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SIMC1	Q8NDZ2	872 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	C17orf47	Q8NEP4	570 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	OR7G1	Q8NGA0	311 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	OR4F6	Q8NGB9	312 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC44A1	Q8WWI5	657 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TMEM41A	Q96HV5	264 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	UGT2B28	Q9BY64	529 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FUT8	Q9BYC5	575 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RASSF1	Q9NS23	344 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CCM2L	Q9NUG4	571 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	AHSP	Q9NZD4	102 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TMCO1	Q9UM00	188 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CAMK2A	Q9UQM7	478 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PCDHA9	Q9Y5H5	950 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZFHX3	Q15911	3703 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	C2orf72	A6NCS6	295 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PPM1B	O75688	479 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PDYN	P01213	254 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	INHBA	P08476	426 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RPS17	P08708	135 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SBK3	P0C264	359 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	BMP7	P18075	431 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TSPAN8	P19075	237 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PTPN6	P29350	595 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FEN1	P39748	380 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	MAPK12	P53778	367 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TOMM20	Q15388	145 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FBXL19-AS1	Q494R0	122 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	GGTA1P	Q4G0N0	100 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NHSL2	Q5HYW2	709 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	C10orf62	Q5T681	223 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NSUN5P2	Q63ZY6	315 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TIGD3	Q6B0B8	471 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FAM180B	Q6P0A1	224 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC48A1	Q6P1K1	146 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	LETMD1	Q6P1Q0	360 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ANGPTL8	Q6UXH0	198 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	MILR1	Q7Z6M3	343 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	YRDC	Q86U90	279 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RELL1	Q8IUW5	271 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PM20D2	Q8IYS1	436 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	VWA5B2	Q8N398	1253 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ADCY4	Q8NFM4	1077 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TRPC4AP	Q8TEL6	797 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	HGD	Q93099	445 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TM4SF18	Q96CE8	201 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	WDYHV1	Q96HA8	205 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NODAL	Q96S42	347 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PAFAH2	Q99487	392 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FOXC2	Q99958	501 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ITPA	Q9BY32	194 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	BRINP2	Q9C0B6	783 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CXXC4	Q9H2H0	198 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CLEC4M	Q9H2X3	399 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ELOVL6	Q9H5J4	265 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	MAT2B	Q9NZL9	334 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF639	Q9UID6	485 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ST6GALNAC2	Q9UJ37	374 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ITPR3	Q14573	2671 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	C1orf226	A1L170	272 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CD8B2	A6NJW9	211 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110		A6NNC1	897 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	DIAPH2	O60879	1101 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ERAL1	O75616	437 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CBX7	O95931	251 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	IL2RA	P01589	272 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ATP1B1	P05026	303 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	KRT15	P19012	456 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PTGDS	P41222	190 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	AGFG1	P52594	562 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	NAGLU	P54802	743 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CDH13	P55290	713 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	RPP38	P78345	283 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MAP4K2	Q12851	820 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TSNAXIP1	Q2TAA8	658 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FLYWCH1	Q4VC44	716 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TRMT12	Q53H54	448 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CDC20B	Q86Y33	519 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TMEM151A	Q8N4L1	468 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FAM83F	Q8NEG4	500 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OR1J4	Q8NGS1	313 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF483	Q8TF39	744 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SELENOM	Q8WWX9	145 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	NINJ1	Q92982	152 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	RNASE6	Q93091	150 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ABTB1	Q969K4	478 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OMA1	Q96E52	524 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TRIB1	Q96RU8	372 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	HBEGF	Q99075	208 aa		11.14	□□□□□ -0.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.7 ms