RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 DCTN1Q14203 1278 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 NUP98P52948 1817 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 SLX4Q8IY92 1834 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP24.42■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 STYK1Q6J9G0 422 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 CNKSR1Q969H4 720 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 NFKBIEO00221 500 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHF1Q96S99 279 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 LTBP3Q9NS15 1303 aa24.39■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 GLTPD2A6NH11 291 aa24.39■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 SOGA3Q5TF21 947 aa24.39■■□□□ 1.5
CLN3-241ENST00000635861 SRGNP10124 158 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 MASTLQ96GX5 879 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 RRAGCQ9HB90 399 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 NBPF26B4DH59 902 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 NFE2L2Q16236 605 aa24.37■■□□□ 1.49
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CLN3-241ENST00000635861 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 NBPF15Q8N660 670 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 PRELPP51888 382 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 C21orf2O43822 256 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 TPTE2Q6XPS3 522 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 VEGFAP15692 232 aaPredicted RBP24.35■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 RALBP1Q15311 655 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 CCDC24Q8N4L8 307 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 KLRG2A4D1S0 409 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 SMC1BQ8NDV3 1235 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 NIP7Q9Y221 180 aaKnown RBP eCLIP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 DPY19L2Q6NUT2 758 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP24.33■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 TAOK3Q9H2K8 898 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-241ENST00000635861 NPR1P16066 1061 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 EIF4A1P60842 406 aaKnown RBP24.32■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 MIS18AQ9NYP9 233 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 ERVV-1B6SEH8 477 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 DNAJC5GQ8N7S2 189 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 ERBB4Q15303 1308 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 ERFEQ4G0M1 354 aa24.3■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 SCN4AP35499 1836 aa24.28■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 NYXQ9GZU5 481 aa24.28■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 BABAM1Q9NWV8 329 aa24.28■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP24.28■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP24.28■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 CCDC93Q567U6 631 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 RIC1Q4ADV7 1423 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 HLFQ16534 295 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 KIF6Q6ZMV9 814 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 C7orf43Q8WVR3 580 aa24.27■■□□□ 1.48
CLN3-241ENST00000635861 ALDH1B1P30837 517 aa24.26■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 LMOD3Q0VAK6 560 aa24.26■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP24.25■■□□□ 1.47
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CLN3-241ENST00000635861 ANKRD36CQ5JPF3 1778 aa24.24■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 IFFO2Q5TF58 517 aa24.23■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 KLRG1Q96E93 195 aa24.23■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 TSPYL4Q9UJ04 414 aa24.23■■□□□ 1.47
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CLN3-241ENST00000635861 POTECB2RU33 542 aa24.22■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 RIPK4P57078 832 aa24.22■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP24.22■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 RTKN2Q8IZC4 609 aa24.22■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 MYBBP1AQ9BQG0 1328 aaKnown RBP24.22■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 CRY2Q49AN0 593 aa24.21■■□□□ 1.47
CLN3-241ENST00000635861 FAM177BA6PVY3 158 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 NGEFQ8N5V2 710 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 MYL6BP14649 208 aa24.19■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 TMPOP42166 694 aaKnown RBP24.19■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 TTLL7Q6ZT98 887 aa24.19■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 JMYQ8N9B5 988 aa24.19■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 GIGYF2Q6Y7W6 1299 aaKnown RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 ABCC12Q96J65 1359 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 IQCA1LA6NCM1 817 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 GRIPAP1Q4V328 841 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 PCNTO95613 3336 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 PARP10Q53GL7 1025 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 ZNF34Q8IZ26 560 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 L3MBTL3Q96JM7 780 aaPredicted RBP24.17■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 UBN2Q6ZU65 1347 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R42Q7Z4L9 355 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB3Q9H5J0 574 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 SNED1Q8TER0 1413 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 DDNO94850 711 aaPredicted RBP24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 NUTM1Q86Y26 1132 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 PSMD1Q99460 953 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 RNF123Q5XPI4 1314 aa24.14■■□□□ 1.46
CLN3-241ENST00000635861 HTRA3P83110 453 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 LRP10Q7Z4F1 713 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP24.14■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 NTSR2O95665 410 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 GPTP24298 496 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 PDIA6Q15084 440 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 SUSD4Q5VX71 490 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 CHADLQ6NUI6 762 aa24.13■■□□□ 1.45
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