RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	NPHP1	O15259	732 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	ST5	P78524	1137 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	STYK1	Q6J9G0	422 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	SRGN	P10124	158 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	CNKSR1	Q969H4	720 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	KLRG1	Q96E93	195 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PTPRF-216	ENST00000617451	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	NBPF26	B4DH59	902 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	NBPF15	Q8N660	670 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	33.17	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		33.17	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	33.17	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	MASTL	Q96GX5	879 aa		33.17	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	PCNT	O95613	3336 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	POTEC	B2RU33	542 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	ERFE	Q4G0M1	354 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	33.16	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	RGL2	O15211	777 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	SLX4	Q8IY92	1834 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	JMY	Q8N9B5	988 aa		33.14	■■■□□ 2.9
PTPRF-216	ENST00000617451	SOGA3	Q5TF21	947 aa		33.13	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	33.1	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		33.1	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	33.1	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	NPR1	P16066	1061 aa		33.08	■■■□□ 2.89
PTPRF-216	ENST00000617451	NEFM	P07197	916 aa		33.07	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	CACNA1S	Q13698	1873 aa		33.07	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	HLF	Q16534	295 aa		33.06	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		33.06	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC93	Q567U6	631 aa		33.03	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM177B	A6PVY3	158 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	33.02	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		33.01	■■■□□ 2.88
PTPRF-216	ENST00000617451	NFE2L2	Q16236	605 aa		33.01	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		32.99	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	NGEF	Q8N5V2	710 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	32.98	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	32.97	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	32.97	■■■□□ 2.87	1e-7	■■■■■ 44.7
PTPRF-216	ENST00000617451	OLFM4	Q6UX06	510 aa		32.96	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	ALDH1B1	P30837	517 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	CHADL	Q6NUI6	762 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	32.95	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	32.95	■■■□□ 2.87
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		32.95	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	NYX	Q9GZU5	481 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	POTEI	P0CG38	1075 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	POTEJ	P0CG39	1038 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	CRY2	Q49AN0	593 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	MYL6B	P14649	208 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	32.91	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCC12	Q96J65	1359 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	NUP98	P52948	1817 aa		32.9	■■■□□ 2.86
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF541	Q9H0D2	1346 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	32.88	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	SYNE4	Q8N205	404 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	CREBZF	Q9NS37	354 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	SCN4A	P35499	1836 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	ERBB4	Q15303	1308 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	GPT	P24298	496 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	LDHD	Q86WU2	507 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	SNED1	Q8TER0	1413 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	PSMD1	Q99460	953 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	SUSD4	Q5VX71	490 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	FZD9	O00144	591 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PTPRF-216	ENST00000617451	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	RIPK4	P57078	832 aa		32.81	■■■□□ 2.84

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