RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 MSH2P43246 934 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 ARFIP1P53367 373 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 CAV1Q03135 178 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 NAB1Q13506 487 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 MED27Q6P2C8 311 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 OPN5Q6U736 354 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 IL20RBQ6UXL0 311 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 C3orf62Q6ZUJ4 267 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 NCCRP1Q6ZVX7 275 aaPredicted RBP17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 ACAD11Q709F0 780 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 CCDC91Q7Z6B0 441 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 SPATA6LQ8N4H0 392 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 ACOT4Q8N9L9 421 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 OR2M7Q8NG81 312 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 OR52N2Q8NGI0 321 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 UBTD2Q8WUN7 234 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 ESAMQ96AP7 390 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 FAM173AQ9BQD7 235 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 NMRAL1Q9HBL8 299 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 DEPPQ9NTK1 212 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 COPS7AQ9UBW8 275 aa17.09■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 MED13LQ71F56 2210 aa17.08■□□□□ 0.33
CLN3-241ENST00000635861 C17orf105B2RV13 164 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNHIT1O43257 154 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DYRK3O43781 588 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 URI1O94763 535 aaPredicted RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OR6B1O95007 311 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 EPORP19235 508 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TNNI3P19429 210 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 POU3F2P20265 443 aaPredicted RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CNR1P21554 472 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ATP5A1P25705 553 aaKnown RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SOX3P41225 446 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PPIAP62937 165 aaKnown RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RNF4P78317 190 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 IGLV3-21P80748 117 aaPredicted RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PLGLB1Q02325 96 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GABPB1Q06547 395 aaPredicted RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TBL3Q12788 808 aaKnown RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MPEG1Q2M385 716 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 HYAL4Q2M3T9 481 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 AP5B1Q2VPB7 878 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ADNP2Q6IQ32 1131 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 C3P1Q6ZMU1 363 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 UBE3DQ7Z6J8 389 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC2A12Q8TD20 617 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RND1Q92730 232 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CMTM7Q96FZ5 175 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MCCC2Q9HCC0 563 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ARGLU1Q9NWB6 273 aaPredicted RBP17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TSC22D4Q9Y3Q8 395 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FREM3P0C091 2139 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 NINQ8N4C6 2090 aa17.08■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 K7EPI3 171 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 WWP2O00308 870 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 BCKDKO14874 412 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 KERAO60938 352 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PIAS1O75925 651 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GLSO94925 669 aaPredicted RBP17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 IGHG3P01860 377 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 C1QAP02745 245 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 IGFBP2P18065 325 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CRABP2P29373 138 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MEX3BQ6ZN04 569 aaKnown RBP17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNF793Q6ZN11 406 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TBC1D1Q86TI0 1168 aaPredicted RBP17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ISCA2Q86U28 154 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FAM109AQ8N4B1 249 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MARVELD2Q8N4S9 558 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 LILRB4Q8NHJ6 448 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 NUBPLQ8TB37 319 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ART5Q96L15 291 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CENPKQ9BS16 269 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TTTY12Q9BZ98 90 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OR8D2Q9GZM6 311 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 IL1RL2Q9HB29 575 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC24A3Q9HC58 644 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SACM1LQ9NTJ5 587 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OPTCQ9UBM4 332 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 C2CD3Q4AC94 2353 aa17.07■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GVC2 190 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SYCE1LA8MT33 242 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 LDB3O75112 727 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 LTA4HP09960 611 aaKnown RBP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CPN2P22792 545 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 STX2P32856 288 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SSR2P43308 183 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 STT3AP46977 705 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FBXO48Q5FWF7 155 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DEPDC1Q5TB30 811 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 KHDRBS2Q5VWX1 349 aaKnown RBP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 C16orf47Q6ZP98 133 aaPredicted RBP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RAPH1Q70E73 1250 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CTAGE3PQ8IX95 158 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DND1Q8IYX4 353 aaKnown RBP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SPATA4Q8NEY3 305 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OR7G3Q8NG95 312 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SCYL1Q96KG9 808 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ATOH8Q96SQ7 321 aa17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.2 ms