RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 NPLQ9BXD5 320 aaPredicted RBP18.08■□□□□ 0.49
CLN3-260ENST00000637578 XPR1Q9UBH6 696 aa18.08■□□□□ 0.49
CLN3-260ENST00000637578 NTNG1Q9Y2I2 539 aa18.08■□□□□ 0.49
CLN3-260ENST00000637578 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP18.08■□□□□ 0.49
CLN3-260ENST00000637578 COL12A1Q99715 3063 aa18.08■□□□□ 0.49
CLN3-260ENST00000637578 SETXQ7Z333 2677 aaKnown RBP18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 IGKV3D-11A0A0A0MRZ8 115 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ANKDD1BA6NHY2 528 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SYCE1LA8MT33 242 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SUPT3HB4E1H0 165 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SUPT3HO75486 399 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 KRT4P19013 534 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TNFSF10P50591 281 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 BTN3A2P78410 334 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CHIT1Q13231 466 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 EXT1Q16394 746 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 BTBD16Q32M84 506 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 C4orf33Q8N1A6 199 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OR2L5Q8NG80 312 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SCYL1Q96KG9 808 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SLC29A3Q9BZD2 475 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MMP25Q9NPA2 562 aa18.08■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SCN2AQ99250 2005 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 DYTNA2CJ06 578 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 K7EPI3 171 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 RGS16O15492 202 aaPredicted RBP18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ERI3O43414 337 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PRMT3O60678 531 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 B4GALT2O60909 372 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CBX6O95503 412 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 RBP1P09455 135 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HPDP32754 393 aaPredicted RBP18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 BTG2P78543 158 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 IRF8Q02556 426 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 RUNX2Q13950 521 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PAGE2BQ5JRK9 111 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ADNP2Q6IQ32 1131 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LCA5Q86VQ0 697 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SRRM1Q8IYB3 904 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LAS2Q8IYD9 372 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CNDP1Q96KN2 507 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LPAR4Q99677 370 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 REXO4Q9GZR2 422 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PLA2G3Q9NZ20 509 aa18.07■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TCRBV16S1A1N1A0A5B0 115 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 FAM227AF5H4B4 570 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 WDPCPO95876 746 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OR4D2P58180 307 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ARG2P78540 354 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SLC18A2Q05940 514 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SETDB1Q15047 1291 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ABHD17CQ6PCB6 329 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PAPD4Q6PIY7 484 aaKnown RBP18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 FAR2Q96K12 515 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PTCHD1Q96NR3 888 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MRPL57Q9BQC6 102 aaKnown RBP18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CENPHQ9H3R5 247 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PRDM9Q9NQV7 894 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 STMN3Q9NZ72 180 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TMEM216Q9P0N5 145 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CPSF2Q9P2I0 782 aaKnown RBP18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OPTCQ9UBM4 332 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LRRK2Q5S007 2527 aa18.06■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 GSTA1P08263 222 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ACTN3Q08043 901 aaPredicted RBP18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HIST2H2ACQ16777 129 aaPredicted RBP18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HIST2H2AA3Q6FI13 130 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CROCCP2Q86T23 111 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ZNF473Q8WTR7 871 aaKnown RBP18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CCT6BQ92526 530 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 UBE2E3Q969T4 207 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MRPL46Q9H2W6 279 aaKnown RBP18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PRDM7Q9NQW5 492 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MAP10Q9P2G4 905 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TEKT2Q9UIF3 430 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ESPL1Q14674 2120 aa18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 USP9XQ93008 2570 aaPredicted RBP18.05■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 A0A088AWK7 358 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TRAV17A0A0B4J275 112 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PSMD12O00232 456 aaPredicted RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 GLRA3O75311 464 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SBK3P0C264 359 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 EPB42P16452 691 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MAOAP21397 527 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ZNF10P21506 573 aaPredicted RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ALDH18A1P54886 795 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SLC26A5P58743 744 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MRPL49Q13405 166 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ABHD17BQ5VST6 288 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TRIM40Q6P9F5 258 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 UBE3DQ7Z6J8 389 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SCUBE1Q8IWY4 988 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TMEM151AQ8N4L1 468 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OR1N1Q8NGS0 311 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ELP5Q8TE02 316 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SERINC2Q96SA4 455 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 NPAS2Q99743 824 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 NECTIN3Q9NQS3 549 aa18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.1 ms