RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520		C9J4A7	227 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520		E7ENX8	843 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	UBXN8	O00124	270 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	LRRTM2	O43300	516 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZNF749	O43361	778 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	EIF4EBP3	O60516	100 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CCNT2	O60583	730 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	WDR47	O94967	919 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	WISP3	O95389	354 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CPA3	P15088	417 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PVR	P15151	417 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ST6GAL1	P15907	406 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ATP5F1	P24539	256 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CXCR2	P25025	360 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ARL1	P40616	181 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PIK3CG	P48736	1102 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ALDH18A1	P54886	795 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NAA20	P61599	178 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TAP2	Q03519	686 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SLC18A2	Q05940	514 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	DLG1	Q12959	904 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MYBPC3	Q14896	1274 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SLC9A5	Q14940	896 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	OR4D1	Q15615	310 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2AC	Q16777	129 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PHKG1	Q16816	387 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SLC5A12	Q1EHB4	618 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	EEF1AKMT2	Q5JPI9	291 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CFAP157	Q5JU67	520 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	AGBL2	Q5U5Z8	902 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HHAT	Q5VTY9	493 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	C1orf189	Q5VU69	101 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2AA3	Q6FI13	130 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SPESP1	Q6UW49	350 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SBSN	Q6UWP8	590 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CUZD1	Q86UP6	607 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	EXOC3L1	Q86VI1	746 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	THOC6	Q86W42	341 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	C17orf64	Q86WR6	236 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TMEM151B	Q8IW70	566 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CARF	Q8N187	725 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ARMC10	Q8N2F6	343 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	GALNT16	Q8N428	558 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZADH2	Q8N4Q0	377 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SNX31	Q8N9S9	440 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CLEC1A	Q8NC01	280 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PPFIBP2	Q8ND30	876 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R14C	Q8TAE6	165 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HMGCLL1	Q8TB92	370 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	RDH11	Q8TC12	318 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	DLG3	Q92796	817 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	UTP4	Q969X6	686 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PTER	Q96BW5	349 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	RHBDF1	Q96CC6	855 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MOCOS	Q96EN8	888 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	APOPT1	Q96IL0	206 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FAM46A	Q96IP4	442 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PAIP2	Q9BPZ3	127 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CD244	Q9BZW8	370 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CLEC4M	Q9H2X3	399 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZNF552	Q9H707	407 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	C1GALT1	Q9NS00	363 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NKIRAS1	Q9NYS0	192 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TMEM216	Q9P0N5	145 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	OPTC	Q9UBM4	332 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	GPN3	Q9UHW5	284 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	DCTN4	Q9UJW0	460 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SERTAD3	Q9UJW9	196 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	OSGIN2	Q9Y236	505 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PTRH2	Q9Y3E5	179 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CSAG2	Q9Y5P2	127 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NCOA6	Q14686	2063 aa	Predicted RBP	8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SCO2	A0A1W2PP80	73 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FOXO6	A8MYZ6	492 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TARM1	B6A8C7	271 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PRSS44	E7EML9	344 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520		E7EQ34	232 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PEX12	O00623	359 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPR	O43390	633 aa	Known RBP	8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZG16	O60844	167 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ALOX12B	O75342	701 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	KLF7	O75840	302 aa	Predicted RBP	8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZWINT	O95229	277 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ALPP	P05187	535 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	UGT2B7	P16662	529 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	GNAZ	P19086	355 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	AGXT	P21549	392 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	IMPA1	P29218	277 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	KCNC1	P48547	511 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HSPA7	P48741	367 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MAGOH	P61326	146 aa	Known RBP	8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PRDX1	Q06830	199 aa	Known RBP	8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FASTK	Q14296	549 aa	Known RBP	8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	GRB7	Q14451	532 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SSPN	Q14714	243 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SPRED3	Q2MJR0	410 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TECRL	Q5HYJ1	363 aa		8.3	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZC3H12B	Q5HYM0	836 aa	Known RBP	8.3	□□□□□ -1.08

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