RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SLC9B1P1	A6NJY1	282 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF33	A8MVX0	844 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MYO1C	O00159	1063 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN12	O95859	305 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CHRM5	P08912	532 aa	Predicted RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	RAB40AL	P0C0E4	278 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PRDX3	P30048	256 aa	Known RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CMPK1	P30085	196 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CRHR1	P34998	444 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CDKL1	Q00532	357 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	IRF9	Q00978	393 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ASPH	Q12797	758 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NAE1	Q13564	534 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NAA25	Q14CX7	972 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TGFBI	Q15582	683 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MLIP	Q5VWP3	458 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	AGTRAP	Q6RW13	159 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FAM198B	Q6UWH4	519 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ISCA2	Q86U28	154 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HPS6	Q86YV9	775 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	C4orf33	Q8N1A6	199 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D19	Q8N5T2	526 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	OR1L3	Q8NH93	324 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PPP4R1	Q8TF05	950 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V1E2	Q96A05	226 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ISL2	Q96A47	359 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB9	Q96C00	473 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CCDC126	Q96EE4	140 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PGM2	Q96G03	612 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MIPEP	Q99797	713 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HAUS8	Q9BT25	410 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	KLHL25	Q9H0H3	589 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ATG10	Q9H0Y0	220 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MRPL46	Q9H2W6	279 aa	Known RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ACTR5	Q9H9F9	607 aa	Predicted RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FANCE	Q9HB96	536 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB20	Q9HC78	741 aa	Predicted RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CCDC177	Q9NQR7	707 aa	Predicted RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ACTR10	Q9NZ32	417 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	WWOX	Q9NZC7	414 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NUDT4	Q9NZJ9	180 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CPSF2	Q9P2I0	782 aa	Known RBP	8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TACC2	O95359	2948 aa		8.33	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	BTN3A3	O00478	584 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	DYNC1I1	O14576	645 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MAP2K7	O14733	419 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CLGN	O14967	610 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ATP8B1	O43520	1251 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	KERA	O60938	352 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SPAG7	O75391	227 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	STK16	O75716	305 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	IPO13	O94829	963 aa	Known RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FKBP9	O95302	570 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A8	O95907	504 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MYL2	P10916	166 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	HRH2	P25021	359 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PKLR	P30613	574 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	RORA	P35398	523 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	GRK3	P35626	688 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MAGEA12	P43365	314 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FOXL2	P58012	376 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ABAT	P80404	500 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NCF4	Q15080	339 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CYP2A13	Q16696	494 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PFKFB4	Q16877	469 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CCSMST1	Q4G0I0	132 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	VWA5B1	Q5TIE3	1220 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD34A	Q69YU3	496 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SP5	Q6BEB4	398 aa	Predicted RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SUSD1	Q6UWL2	747 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ADCK2	Q7Z695	626 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TRABD2A	Q86V40	505 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TAX1BP1	Q86VP1	789 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	RAB43	Q86YS6	212 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A9	Q8IVM8	553 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ADGRF3	Q8IZF5	1079 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	CENPL	Q8N0S6	344 aa	Predicted RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	OR8K5	Q8NH50	307 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZNF480	Q8WV37	535 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	FBXL8	Q96CD0	374 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	PHF21B	Q96EK2	531 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	LRFN5	Q96NI6	719 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	IL17F	Q96PD4	163 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NRTN	Q99748	197 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ACAT2	Q9BWD1	397 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	TMBIM4	Q9HC24	238 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	NPHS2	Q9NP85	383 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	MRPS30	Q9NP92	439 aa	Known RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	C5AR2	Q9P296	337 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	STOX2	Q9P2F5	926 aa	Predicted RBP	8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ICK	Q9UPZ9	632 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	BTRC	Q9Y297	605 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	ACTL7B	Q9Y614	415 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	KCNE2	Q9Y6J6	123 aa		8.32	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520	SCN3A	Q9NY46	2000 aa		8.31	□□□□□ -1.08
USP4-213	ENST00000488520		A0A0J9YY10	115 aa		8.31	□□□□□ -1.08

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