RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 GFAPP14136 432 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ACPPP15309 386 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IRF8Q02556 426 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 KLRB1Q12918 225 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TIFABQ6ZNK6 161 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ABHD13Q7L211 337 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PARP9Q8IXQ6 854 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CPAMD8Q8IZJ3 1885 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TMEM151AQ8N4L1 468 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MREGQ8N565 214 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TTLQ8NG68 377 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PEX11GQ96HA9 241 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 EFCAB11Q9BUY7 163 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CPSF2Q9P2I0 782 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 FETUBQ9UGM5 382 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ANAPC2Q9UJX6 822 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PCDHGB7Q9Y5F8 929 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IGHV1-45A0A0A0MS14 117 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 URADA6NGE7 173 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ANKDD1BA6NHY2 528 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CLEC3AO75596 197 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SIX3O95343 332 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HPP00738 406 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SBK3P0C264 359 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GSTM2P28161 218 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 EEF1A2Q05639 463 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TSNAXIP1Q2TAA8 658 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ADPRMQ3LIE5 342 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TEX9Q8N6V9 391 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MS4A6EQ96DS6 147 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SEC16BQ96JE7 1060 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RBCK1Q9BYM8 510 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RHBGQ9H310 441 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZBTB20Q9HC78 741 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LANCL2Q9NS86 450 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 XPR1Q9UBH6 696 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF451Q9Y4E5 1061 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RELNP78509 3460 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CHST10O43529 356 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SHBGP04278 402 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RBP1P09455 135 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 EPB42P16452 691 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ITGA3P26006 1051 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LAPTM5Q13571 262 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PCOLCEQ15113 449 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MINDY4Q4G0A6 757 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LGSNQ5TDP6 509 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ATG14Q6ZNE5 492 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LANCL3Q6ZV70 420 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 NDUFAF7Q7L592 441 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TEX19Q8NA77 164 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MZB1Q8WU39 189 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CCT6BQ92526 530 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MTBPQ96DY7 904 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PHF21BQ96EK2 531 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 EPN3Q9H201 632 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF160Q9HCG1 818 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CNTRLQ7Z7A1 2325 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 A0A0G2JN53 185 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PYCARD-AS1I3L0S3 204 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 E2F3O00716 465 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ERI3O43414 337 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CDC123O75794 336 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 C8orf89P0DMQ9 161 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CASRP41180 1078 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CD97P48960 835 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 STXBP1P61764 594 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SKP1P63208 163 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RHAGQ02094 409 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 NADK2Q4G0N4 442 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PAGE2BQ5JRK9 111 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MFSD4BQ5TF39 518 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 VWA5B1Q5TIE3 1220 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 NIPAL1Q6NVV3 410 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LAS2Q8IYD9 372 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RBMXL3Q8N7X1 1067 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PTGR2Q8N8N7 351 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GAL3ST3Q96A11 431 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D20Q96BZ9 403 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 VPS50Q96JG6 964 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SCYL1Q96KG9 808 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 OR1F2PQ96R84 312 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 C5AR2Q9P296 337 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PSMC3IPQ9P2W1 217 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TBK1Q9UHD2 729 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 NSG1A0A0A6YYJ2 146 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PCDH17O14917 1159 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 FHP07954 510 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CYC1P08574 325 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IL10P22301 178 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 BTN3A2P78410 334 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GTF2H2Q13888 395 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GRHL2Q6ISB3 625 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GTF2H2CQ6P1K8 395 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GOLGA7Q7Z5G4 137 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CA13Q8N1Q1 262 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PLPP5Q8NEB5 264 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 OR2L5Q8NG80 312 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 OR7G3Q8NG95 312 aa14.91□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.6 ms