RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	POLR2J2	Q9GZM3	115 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ABCB9	Q9NP78	766 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TAS2R9	Q9NYW1	312 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	C9	P02748	559 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ADRB3	P13945	408 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	C4BPB	P20851	252 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ARRB1	P49407	418 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NUDT6	P53370	316 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MADCAM1	Q13477	382 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RAB2B	Q8WUD1	216 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NCSTN	Q92542	709 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NT5C3B	Q969T7	300 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC2A4RG	Q9NR83	387 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MKL2	Q9ULH7	1088 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TFEC	O14948	347 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RNGTT	O60942	597 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNA5	P22460	613 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NTSR1	P30989	418 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SEPHS1	P49903	392 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ALDH3A2	P51648	485 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ARSF	P54793	590 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ID2	Q02363	134 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NPTX1	Q15818	432 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HTR3D	Q70Z44	454 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TMEM173	Q86WV6	379 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR8J3	Q8NGG0	315 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GPR150	Q8NGU9	434 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	LMX1A	Q8TE12	382 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	STON2	Q8WXE9	905 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZDHHC7	Q9NXF8	308 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MRPL39	Q9NYK5	338 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	STON1	Q9Y6Q2	735 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RTCA	O00442	366 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	AGR2	O95994	175 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MLLT3	P42568	568 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	C1orf61	Q13536	156 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SPATS1	Q496A3	300 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	REEP3	Q6NUK4	255 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CCDC116	Q8IYX3	515 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CHCHD4	Q8N4Q1	142 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR10H4	Q8NGA5	316 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	DPH7	Q9BTV6	452 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RPF2	Q9H7B2	306 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PTTG2	Q9NZH5	202 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR1A2	Q9Y585	309 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IL3	P08700	152 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HSD3B1	P14060	373 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	AHCY	P23526	432 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HSD3B2	P26439	372 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	STAT5A	P42229	794 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CLCN7	P51798	805 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM131A	Q6UXB0	335 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CBARP	Q8N350	705 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	DDX51	Q8N8A6	666 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	F2RL3	Q96RI0	385 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CDADC1	Q9BWV3	514 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GSTO2	Q9H4Y5	243 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PNO1	Q9NRX1	252 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MAP10	Q9P2G4	905 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CDH7	Q9ULB5	785 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CYP8B1	Q9UNU6	501 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423		A8MU76	341 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TOR1B	O14657	336 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PRAMEF12	O95522	483 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR1E2	P47887	323 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC30A6	Q6NXT4	461 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF534	Q76KX8	674 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MINDY1	Q8N5J2	469 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HUS1B	Q8NHY5	278 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	FBXL20	Q96IG2	436 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC45A3	Q96JT2	553 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	FZD3	Q9NPG1	666 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TIMMDC1	Q9NPL8	285 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	POFUT2	Q9Y2G5	429 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HCFC2	Q9Y5Z7	792 aa		13.71	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ARID1B	Q8NFD5	2236 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423		A0A096LPI6	279 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF99	A8MXY4	864 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HTRA2	O43464	458 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GJB3	O75712	270 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PFKL	P17858	780 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ARF5	P84085	180 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	VMAC	Q2NL98	169 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	LETMD1	Q6P1Q0	360 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	KRT74	Q7RTS7	529 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	AVL9	Q8NBF6	648 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	OR56A1	Q8NGH5	318 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC22A12	Q96S37	553 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	TBC1D17	Q9HA65	648 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	EMCN	Q9ULC0	261 aa		13.71	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	WDR45	Q9Y484	360 aa		13.71	□□□□□ -0.22

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.8 ms