RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	CLCA2	Q9UQC9	943 aa		11.38	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHGA4	Q9Y5G9	962 aa		11.38	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	AP1M2	Q9Y6Q5	423 aa		11.38	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	KIF26B	Q2KJY2	2108 aa		11.38	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	RIF1	Q5UIP0	2472 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SCN3A	Q9NY46	2000 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	GMNC	A6NCL1	334 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	EFCAB7	A8K855	629 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	AGRP	O00253	132 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PIP5K1B	O14986	540 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SRPX2	O60687	465 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CTSV	O60911	334 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CS	O75390	466 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CLEC3A	O75596	197 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PIK3CB	P42338	1070 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	HTR6	P50406	440 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TGM3	Q08188	693 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TUBB3	Q13509	450 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NR6A1	Q15406	480 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NDUFA9	Q16795	377 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TCHHL1	Q5QJ38	904 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SCIMP	Q6UWF3	145 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ACAD11	Q709F0	780 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CHSY3	Q70JA7	882 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	B3GNT8	Q7Z7M8	397 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	MCAT	Q8IVS2	390 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC22	Q8N4W6	341 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CSNK1A1L	Q8N752	337 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	GBP7	Q8N8V2	638 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD53	Q8N9V6	530 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	WDR20	Q8TBZ3	569 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	C19orf60	Q96EN9	201 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	CMTM7	Q96FZ5	175 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PPP1R36	Q96LQ0	422 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FCRL4	Q96PJ5	515 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SERPINI1	Q99574	410 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NUF2	Q9BZD4	464 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	RHBG	Q9H310	441 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	BRF2	Q9HAW0	419 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TNFRSF12A	Q9NP84	129 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NPHS2	Q9NP85	383 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	DMRT3	Q9NQL9	472 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TOR4A	Q9NXH8	423 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SERTAD3	Q9UJW9	196 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TSC22D4	Q9Y3Q8	395 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC15	Q9Y5T4	150 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	USH1C	Q9Y6N9	552 aa		11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ZFHX2	Q9C0A1	2572 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658		A0A088AWK7	358 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	MAGEB17	A8MXT2	336 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658		H0YGG7	62 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FOXE1	O00358	373 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ZSCAN9	O15535	394 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	LCMT2	O60294	686 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PRAMEF10	O60809	474 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	VPS4B	O75351	444 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	KCNK5	O95279	499 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TGDS	O95455	350 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TGFB1	P01137	390 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	LINC00032	P0C843	101 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	JMJD7	P0C870	316 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF10	P21506	573 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PTX3	P26022	381 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NEK2	P51955	445 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ITGA1	P56199	1179 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ARF3	P61204	181 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	RPS13	P62277	151 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SKP1	P63208	163 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ZFP36L1	Q07352	338 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	EIF3I	Q13347	325 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PWP1	Q13610	501 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	KCNAB1	Q14722	419 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ABRAXAS2	Q15018	415 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	GPR19	Q15760	415 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ISX	Q2M1V0	245 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TOR1AIP1	Q5JTV8	583 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SPDYA	Q5MJ70	313 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	NXN	Q6DKJ4	435 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FRMPD2B	Q6IN97	320 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO42	Q6P3S6	717 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM40	Q6P9F5	258 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ABHD13	Q7L211	337 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SLCO6A1	Q86UG4	719 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	GALNT15	Q8N3T1	639 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	SRFBP1	Q8NEF9	429 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	OR8K5	Q8NH50	307 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF473	Q8WTR7	871 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	USP7	Q93009	1102 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	TUBGCP3	Q96CW5	907 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	THOC1	Q96FV9	657 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	PRR11	Q96HE9	360 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	OR2A5	Q96R48	311 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	OR6C1	Q96RD1	312 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	HBEGF	Q99075	208 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	COPS7B	Q9H9Q2	264 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FAM60A	Q9NP50	221 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FGF21	Q9NSA1	209 aa		11.36	□□□□□ -0.59
DDB1-223	ENST00000543658	FARSB	Q9NSD9	589 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59

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